Jacob Berger a pour père l'écrivain anglais John Berger. Il passe par l'Université de New York et l'Institut of Film and Television puis sort meilleur étudiant de l'année à la Faculté des Arts en 1985.

Il revient en Suisse et signe son premier long métrage en 1989 : Angels qui suit l'itinéraire d'enfants de la rue à Barcelone sur fond d'histoire d'amour. Mais il se consacre ensuite totalement à la réalisation de reportages et de documentaires pour les télévisions suisses et françaises. Au milieu des années 90 il passe à la fiction et travaille sur plusieurs séries télévisées françaises.

En 2001 il revient au cinéma avec Aime ton père, l'histoire d'un affrontement père/fils interprété par Gérard Depardieu et Guillaume Depardieu.