Emir Kusturica fait ses études de cinéma à la F.A.M.U, l'académie du cinéma de Prague, où il réalise deux courts métrages Une partie de la vérité et Automne. En 1978, il obtient le premier prix au festival du film étudiant de Karlovy-Vary et rentre à Sarajevo où il décroche un contrat à la télévision, où ses téléfilms suscitent le plus souvent la controverse.

En 1981, il réalise son premier film, Te souviens-tu de Dolly Bell ?, qui raconte l'histoire d'une famille serbe et d'un groupe de gamins qui grandit dans le Sarajevo des années 60 et qui sera salué par la critique du monde entier. Récompensé par le prix de la critique du Festival du Film International de Sao Paulo et par un Lion d'or de la première oeuvre à la Mostra de Venise, Emir Kusturica renouvelle ce coup d'éclat avec Papa est en voyage d'affaires qui lui permet de remporter la Palme d'Or au Festival de Cannes en 1985.

Avec ces deux réussites, il s'impose comme le meilleur représentant du Groupe de Prague et confirme ses talents de conteur et styliste dans Le Temps des Gitans, sorte de poème baroque où les aspects les plus cruels de la vie côtoient un lyrisme quasi surréaliste, qui lui permet de remporter le prix de la mise en scène à Cannes.

En 1993, il tourne aux Etats-Unis Arizona Dream, avec Johnny Depp, Jerry Lewis et Faye Dunaway et remporte deux ans plus tard une deuxième Palme d'Or à Cannes pour Underground, fresque tumultueuse sur l'histoire de l'ex-Yougoslavie à travers une amitié trahie. Ce film-polémique déclenche la controverse. Choqué par ces réactions de franche hostilité, le réalisateur annonce son retrait du cinéma. Mais il revient sur sa décision et, en 1998, reprend le chemin des plateaux pour la farce débridée Chat noir, chat blanc. En 2004, La Vie est un miracle, nouvelle comédie furieuse et bondissante, dont il a en partie composé la musique, est présentée à Cannes. L'année suivante, cet enfant chéri de la Croisette prend la tête du jury de la compétition officielle, et en 2007, il est de retour dans la sélection avec le film Promets-moi. Toujours en 2007, il adapte sur scène son film Le Temps des gitans, qui devient un opéra punk présenté à l'Opéra Bastille en juin. Enfin, on devrait découvrir prochainement son documentaire sur le joueur de football Maradona.

Acteur occasionnel, Kusturica, qui était déjà apparu aux côtés de Daniel Auteuil et Juliette Binoche dans La Veuve de Saint-Pierre de Patrice Leconte, donne par ailleurs la réplique à Nick Nolte et Tchéky Karyo dans L' Homme de la Riviera, remake du fameux Bob le flambeur de Jean-Pierre Melville réalisé par Neil Jordan. En 2009, loin de son personnage de réalisateur fantasque, il partage également l'affiche de L'Affaire Farewell avec Guillaume Canet où il interprète un ancien agent du KGB.