Leila, étudiante libanaise, voyage à travers le temps et l’espace pour réfuter la version coloniale et masculine de l’Histoire présentée par son amoureux Rafic. Son périple commence sous le Mandat Britannique des années vingt et finit dans la Guerre Civile libanaise.
À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
Dans un restaurant de Tel-Aviv, une femme fait exploser une bombe. Toute la journée, le docteur Amine, israélien d'origine arabe, opère les nombreuses victimes de l'attentat. Au milieu de la nuit, on le rappelle d'urgence pour lui annoncer que la kamikaze est sa propre femme.
Par une nuit de pleine lune, la jeune Najwa et le musicien Mansour se rendent à Beyrouth. Ils suivent la piste des passeurs pour rejoindre une femme de l’autre côté de la mer. À quelques rues de là, Selim, le gardien de l’ancien phare, tente de réparer l’électricité de son quartier.
"À partir du mois de septembre l'année dernière, je n'ai plus rien fait d'autre qu'attendre un homme : qu'il me téléphone et qu'il vienne chez moi. Tout de lui m'a été précieux, ses yeux, sa bouche, son sexe, ses souvenirs d’enfant, sa voix..."
Sur l’île fictionnelle d’Orphalese, Almitra, une petite fille de huit ans, rencontre Mustafa, prisonnier politique assigné à résidence. Contre toute attente, cette rencontre se transforme en amitié. Ce même jour, les autorités apprennent à Mustafa sa libération.
Fin de l’été 1976, banlieue nord de Beyrouth. Noha est sur le point de se marier. Les siens sont soulagés de la voir saisir sa dernière chance avant de passer à la trappe et coiffer le bonnet de vieille fille que porte déjà tristement sa sœur aînée.
A Beyrouth, de nos jours, une insulte qui dégénère conduit Toni (chrétien libanais) et Yasser (réfugié palestinien) devant les tribunaux. De blessures secrètes en révélations, l'affrontement des avocats porte le Liban au bord de l'explosion sociale mais oblige ces deux hommes à se regarder en face.
Farès et Meriem forment avec Aziz, leur fils de 9 ans, une famille tunisienne moderne issue d’un milieu privilégié. Lors d’une virée dans le sud de la Tunisie, leur voiture est prise pour cible par un groupe terroriste et le jeune garçon est grièvement blessé..
Lors d'une fête étudiante, Mariam, croise le regard de Youssef. Quelques heures plus tard, Mariam, erre dans la rue en état de choc. Commence pour elle une longue nuit durant laquelle elle va devoir lutter pour le respect de ses droits et sa dignité. Mais comment peut-on obtenir justice quand celle-ci se trouve du côté des bourreaux ?
Mo et Hisham, un couple gay américain, reviennent en Égypte et cachent leur relation dans un climat homophobe. Mo, anxieux à cause d'actes de sorcellerie près de chez lui, voit ressurgir ses peurs religieuses d'enfance et craint que Hisham découvre sa honte.
Liban, été 1958. Trois sœurs de la bonne société chrétienne sont en villégiature dans la montagne libanaise. La vie tranquille du village est bousculée par les échos d'une révolution grondant à Beyrouth et par l’arrivée de deux estivants français. Mais c'est de l'intérieur de la famille que viendra le bouleversement.
Montréal, le jour de Noël, Maia et sa fille, Alex, reçoivent un mystérieux colis en provenance de Beyrouth. Ce sont des cahiers, des cassettes et des photographies, toute une correspondance, que Maia, de 13 à 18 ans, a envoyé de Beyrouth à sa meilleure amie partie à Paris pour fuir la guerre civile.
A Beyrouth, des trentenaires voient leurs destins se croiser. Parmi eux figurent Haïdar, un animateur radio solitaire et effacé, Nadim, un architecte idéaliste, Soraya, une guide touristique, ou encore Tarek, un ami de retour d'exil.