Dans une ville de province, Shuhei Horikawa, un enseignant veuf, mène une vie modeste avec Ryohei, son fils unique. Lors d’un voyage scolaire, un élève se noie. Shuhei prend la responsabilité de l’accident et décide de retrouver sa région natale. Au cours du voyage, père et fils discutent de la vie et du temps futur. Shuhei annonce à son fils qu’il ira étudier en internat, impliquant inexorablement leur éloignement l’un de l’autre.
En 1902, Vladimir Arseniev, officier-topographe, mène une expédition chargée d’explorer la région de l’Oussouri, en Russie orientale. Il y rencontre Dersou Ouzala, un chasseur qui connait parfaitement le territoire. Ensemble, les deux hommes affronteront une nature hostile et finiront par se lier d’amitié.
Dans une petite ville paisible de Kyushu, une jeune fille de 17 ans, Suzume, rencontre un homme qui dit voyager à la recherche d’une porte. Décidant de le suivre dans les montagnes, elle découvre une porte délabrée trônant au milieu des ruines qu'elle décide d'ouvrir...
Au XIVe siècle, la guerre entre les samouraïs ruine le pays. Une femme et sa belle-fille subsistent difficilement en vendant les armes des soldats qu'elles ont tués. Apprenant un jour que sa bru a une liaison avec un déserteur, la belle-mère se déguise en démon pour la terrifier.
Violet Evergarden est toujours incapable d'oublier Gilbert, son ancien supérieur hiérarchique. Un jour, alors qu'elle reçoit une demande d'un jeune client, CH Postal découvre une lettre sans adresse dans leur entrepôt.
Au nord du Japon, à Yamagata, où Daigo Kobayashi retourne avec son épouse, après l'éclatement de l'orchestre dans lequel il jouait. Daigo répond à une annonce pour un emploi "d'aide aux départs", imaginant avoir affaire à une agence de voyages...
Jeune lycéen, Hodaka fuit son île pour rejoindre Tokyo. Sans argent ni emploi, il tente de survivre dans la jungle urbaine et trouve un poste dans une revue dédiée au paranormal. Un phénomène météorologique extrême touche alors le Japon, exposé à de constantes pluies. Hodaka est dépêché pour enquêter sur l'existence de prêtresses du temps. Peu convaincu par cette légende, il change soudainement d'avis lorsqu'il croise la jeune Hina...
Veuf, Shuhei Hirayama approche de la retraite et vit toujours avec sa fille Michiko qui est en âge de se marier. Le père comme la fille repoussent l’échéance, l’un craignant la solitude et l’autre la culpabilité de l’abandon.
Les pilotes de Makinami parviennent à vaincre le Troisième Ange. Asuka Langley-Shikinami et EVA-02 battent quant à eux le Septième Ange tandis que le Huitième Ange surgit et attaque le QG des Nerv. EVA-3 est battu par le Neuvième Ange pendant les essais, et Shinji tente de le neutraliser, mais apprend qu'Asuka est à bord. Gendo passe en pilage automatique et se met à attaquer EVA-03.