Philippe Garrel dirige sa compagne de l'époque Nico, égérie d'Andy Warhol et ex-membre du mythique Velvet Underground, mais aussi Christian Aaron Boulogne le fils que cette dernière a eu avec Alain Delon .
Très conceptuel, le film n'a pas de générique de fin ni de début, et commence directement par le titre. Tourné entièrement en français, Philippe Garrel très exigeant, a interdit tout sous-titres lors de la distribution du film à l'étranger.
Philippe Garrel déclarait à la sortie du film : "Il ne faut pas regarder La Cicatrice Intérieure en se posant des questions, il faut le regarder juste par plaisir, comme l'on peut prendre plaisir à se promener dans le désert. Ce sont des traces avec ce qui se passe dans ma tête au moment où je tourne, cela ne peut être que des traces ou des jalons".
En 2004, dans le cadre de Cannes Classics, la Cinémathèque française a présenté le film en copie restaurée.