Le documentaire a été commandité par l'Allemagne à l'occasion de la commémoration du génocide colonial du peuple Herero (1904-1907).
Le réalisateur explique son intention :"Je me suis souvent posé la question du lien existant entre la misère sans fin de l'Afrique et la charité chrétienne que les Européens entretiennent vis à vis d'elle depuis bientôt deux siècles. Le terme "colonisation", porteur d'une violence inouïe, continue d'être employé pour commenter l'actualité mondiale, alors même qu'évoquer la colonisation européenne en Afrique reste un sujet tabou (...) comme si la mémoire collective ne devait retenir de la tragédie coloniale en Afrique que la propagande européenne qui présente la colonisation comme une mission civilisatrice. C'est justement de cette "mission civilisatrice" qu'il sera question dans ce film."
Le Malentendu colonial aborde la colonisation à travers l'histoire de la mission de Rhénanie, dont la création est antérieure à la colonisation allemande et qui reste encore en activité aujourd'hui.
Le réalisateur s'était déjà penché sur la colonisation et ses conséquences en 1992 avec un autre documentaire Afrique, je te plumerai, ressorti en 2002 afin de "contribuer au débat sur l'enseignement de l'histoire et sur la diversité culturelle en France". Le Malentendu colonial s'inscrit dans cette volonté de poursuivre la reflexion sur la place de l'Afrique aujourd'hui.