A travers ce documentaire, Patricio Guzman tenait à rendre hommage à "un homme qui a marqué sa vie" : "Je ne serais pas ce que je suis s'il n'avait incarné l'utopie d'un monde plus juste et plus libre, qui, ces années-là, parcourait mon pays. J'étais là, acteur et cinéaste. Je me souviens de la fraîcheur de l'air, de la ferveur qui nous liait les uns aux autres et, au-delà, au reste du monde. Nous filmions ce rêve radieux, avec lucidité, avec passion..."
Salvador Allende n'est pas le premier documentaire que Patricio Guzman consacre au Chili. Sa filmographie démontre un fort attachement à l'histoire de son pays d'origine : La Bataille du Chili (1974) met en scène les bouleversements politiques de 1972, Chili : la mémoire obstinée (1996) démontre comment et jusqu'où l'oubli imposé par Pinochet a pu détruire la mémoire et l'énergie d'un peuple, tandis que Le Cas Pinochet (2001) revient sur l'arrestation du dictateur chilien.
Salvador Allende a été présenté hors compétition en sélection officielle au Festival de Cannes 2004.
Le tournage de ce documentaire s'étala sur sept semaines, du 21 avril au 6 juin 2003, au Chili, principalement à Santiago.