John Huston avait demandé au philosophe et écrivain Jean-Paul Sartre de collaborer avec lui au scénario de Freud, passions secrètes, en se focalisant sur les débuts du père de la psychanalyse comme neurologue pratiquant l'hypnose. Sartre lui envoya alors un scénario très documenté d'environ quatre cents pages, correspondant à environ seize heures de projection, à prendre ou à laisser. Huston décida cependant de repartir à zéro, confiant les commandes à Wolfgang Reinhardt, mais conservant le désir de restituer la vie de Freud avec la plus grande des minuties.
Jugé un peu trop austère, Freud, passions secrètes subit avant sa sortie quelques coupures, imposées par les distributeurs, et que John Huston a estimé à près d'une demi-heure. Tout en continuant d' assumer la paternité du film, il en a ainsi toujours renié le montage.
Montgomery Clift eut des problèmes de santé tellement fréquents, sur le tournage de Freud, passions secrètes, que Universal le poursuivit pour avoir contribué à dépasser le budget du film de John Huston. L'acteur obtint néanmoins gain de cause après l'intervention de ses avocats, avec le succès remporté par le film au moment de sa sortie et sa présentation au prestigieux Festival de Berlin, et le comédien fut finalement largement dédommagé.