Le film ne part pas du principe que la race humaine est supérieure. Au contraire selon Mamoru Oshii, "le film arrive à la conclusion que toutes les formes de vie: humaine, animale, et robots sont égales. Dans cette période où tout est incertain nous devrions tous penser à ce qu'il faut valoriser dans la vie et réfléchir à la façon de coexister ensemble. Dans le film, en 2032, les robots, les êtres électroniques sont devenus des compagnons indispensables. (...) Actuellement nous n'avons pas besoin d'un humanisme anthropocentrique. L'humanité a atteint ses limites. Avec ce film j'espère faire réléchir sur l'appréhension et la crainte qui imprègnent le monde à l'heure actuelle."
Dans Avalon, ou à l'affiche de Ghost in the shell 2 - Innocence, l'animal fétiche de Mamoru Oshii, un basset, traîne sa triste mine sur le gris du macadam. Beaucoup voit dans cette apathie canine une projection du tempérament de Mamoru.
Le personnage principal Batou est notre guide tout au long du film. Lui et sa partenaire Togusa (personnage à l'apparence la plus humaine) s'embarquent dans un voyage à travers l'enfer qui les force à revoir le sens de l'existence humaine. Le rôle de Batou est de conduire indirectement le public à Togusa.
Il n'y a pas d'humains dans Ghost in the shell 2 - Innocence. Les personnages sont des robots à visage humain. Le réalisateur confie que "pour un raison étrange, les gens ont toujours créé des robots à leur image. Je me demande pourquoi. Explorer cette question du point de vue des robots m'aidera à mieux comprendre la nature humaine".
Le réalisateur Mamoru Oshii explique que "nous vivons dans un monde cruel et effrayant. Je travaille depuis un moment déjà dans l'industrie de l'animation, un monde corrompu (...) parfois j'aimerai éliminer toutes les interactions humaines et passer le reste de ma vie à la maison à me relaxer(...). C'est cette culture de la peur et de l'anxiété que je veux représenter dans mon film. Ce qui m'intéresse, c'est le futur de l'humanité".
Ghost in the shell 2 - Innocence a été présenté en compétition officielle au Festival de Cannes 2004.
Après neuf ans d'attente Mamoru Oshii signe Ghost in the shell 2 - Innocence, la suite de son manga culte Ghost in the Shell, qui avait remporté un énorme succès auprès du public en 1995. La suite a nécessité quatre ans de développement et un budget de plus de 18 millions de dollars.