Maléfique a été produit par la société française Bee Movies, spécialisée dans les projets de fantastique à l'hexagonal avec notamment Un jeu d'enfants de Laurent Tuel (2001) et Bloody Mallory de Julien Magnat (2001).
Produit de commande, Maléfique est le fruit de la collaboration entre trois ex-membres des Guignols de l'info : le réalisateur Eric Valette, metteur en scène de nombreuses séquences de l'émission phare de Canal + et les scénaristes Franck Magnier et Alexandre Charlot, auteur des Guignols pendant respectivement cinq et quatre ans.
Présenté en compétition officielle lors du 10e Festival "Fantastic'Arts" de Gérardmer en janvier 2003, Maléfique en est reparti avec le Prix du jury, partagé avec The Gathering de Lewis Gilbert.
Pour son metteur en scène Eric Valette, tourner Maléfique n'a pas été sans pression. "Il y a un vrai défi à vouloir faire du cinéma de genre en France : les récentes tentatives sont disparates et inégales", avoue le réalisateur. "(...) C'est un domaine encore en défrichage, à chaque nouvel essai de film de genre français, on est attendu au tournant. Non seulement par les amateurs du registre qui sont extrêmement exigeants et particulièrement durs quand le résultat ne les satisfait pas, par la presse spécialisée mais aussi par le grand public qui nourrit ces dernières années une attente vis à vis de ce type de film".
Eric Valette a pu compter sur la collaboration de Gérald Laroche, avec qui il avait déjà tourné deux courts métrages, dans le rôle de Carrère. C'est par ailleurs par l'intermédiaire de Gérard Laroche que le rôle de Marcus a été confié à Clovis Cornillac. Les deux hommes avaient déjà partagé l'affiche du téléfilm Les Vilains de Xavier Durringer en 1999.
Pour se documenter sur l'univers carcéral dans lequel se déroule l'intégralité de l'intrigue de Maléfique, les scénaristes Franck Magnier et Alexandre Charlot ont directement interrogé un gardien de prison et lu le livre controversé de Véronique Vasseur. "Le type qui s'ampute pour s'échapper par petits bouts, les avaleurs ou la présence de transsexuels pas complètement opérés ne sont pas des trucs qu'on a inventés, mais font partie de la réalité de la vie carcérale", témoigne Alexandre Charlot.