En écrivant Japon, le cinéaste a essayé de combattre cerrains clichés que l'on retrouve dans les films ou les mentalités comme le fait que "les femmes soient le sexe faible, que les vieux ne servent à rien ou que l'instruction développe l'épanouissement." Ainsi même s'il n'a pas d'éducation, Ascen est plus forte, plus sage et plus heureuse que l'homme qu'elle accueille. Pour Carlos Reygadas, son personnage principal "se protège derrière une barrière d'idées métaphysiques, qui ne sont qu'une armure pour ne pas être atteint par les choses basiques de la vie."
Japon a été tourné dans l'Etat d'Hidalgo à 200 kilomètre au nord de Mexico, un endroit familier à Carlos Reygadas puisque son grand-père avait une maison en haut du canyon que l'on voit dans le film. Le cinéaste a toujours imaginé ce lieu en termes de décor cinématographique. Il n'est donc pas étonnant que cet environnement si particulier tienne une place si importante dans le film. Japon est ainsi une tentative de "faire un portrait de cet endroit à travers un personnage rendu ultra réceptif" par l'attente imminente de sa mort.
Magdalena Flores qui joue Ascen, la vieille femme qui acceuille le personnage qu'incarne Alejandro Ferretis, a dû remplacer au pied levé la première femme pressentie pour jouer le rôle qui a simplement disparu le premier jour du tournage. Elle a rencontré le réalisateur en faisant ses courses où l'équipe du film s'était installée. Magdalena ne connaissait ni le scénario ni les dialogues de Japon au moment du tournage. Elle s'est contentée de suivre les indications du réalisateur scène par scène.
Le casting de Japon est uniquement composé d'acteurs non professionnels recrutés pour la plupart sur place. Carlos Reygadas n'était pas inquiet de ce choix. Il a tenu à ce que chacun lui inspire les personnages plutôt que l'inverse.
Carlos Reygadas a tenu à donner une importance particulière au son en partant dans deux directions radicalement opposées. Lorsque la portée réaliste du film prend le dessus, il a privilégié une prise de son directe. Au contraire, par moment, le cinéaste cherchait à mettre en avant certains aspects de la personnalité de son personnage en évacuant certains bruits au profit d'autres.
Pour la musique, Carlos Reygadas a également évité de l'utiliser de manière purement illustrative. Ainsi, lorsqu'elle apparaît, elle prend le dessus sur le reste.
Présenté dans divers festivals, Japon a obtenu de nombreux prix. A Cannes, présenté à la Quinzaine des réalisateurs, le film a obtenu une mention spéciale à la caméra d'or en 2002. Carlos Reygadas a également été récompensé comme réalisateur aux festivals d'Edimbourg et de Théssalonique.
Le cinéaste Carlos Reygadas voue une énorme admiration au travail d'Andrei Tarkovski. Une des scènes de Japon tournant autour d'un tracteur est d'ailleurs inspirée de Stalker. Le réalisateur mexicain déclarait ainsi au quotidien Le Monde au moment de la projection de son film à Cannes : "J'ai appris chez lui que l'ennui peut s'avérer nécessaire à la construction d'un film. Parce qu'à un moment donné on prend conscience qu'il y a une justification rétroactive de l'ennui, ou de la lenteur."
Dans Japon, Carlos Reygadas utilise à plusieurs reprises des panoramiques à 360 degrés. Cette technique est une manière pour lui "d'englober l'intégralité spatiale et temporelle de ce monde que je veux partager" sans avoir recours au montage.
Réalisateur, scénariste et producteur de son premier long métrage Japon, Carlos Reygadas a monté son projet en un peu plus de deux ans. Le cinéaste a d'abord défini l'atmosphère générale et le style du film avant de se lancer dans l'écriture. Le scénario a été finalisé en fevrier 2000 après six mois de travail. Le réalisateur a ensuite fait des repérages pour trouver les lieux exacts du tournage et commencer à penser sa mise en scène. Il couche tout le film sur papier sous forme de découpage technique et dessine un storyboard. Le tournage a duré dix semaines. Carlos Reygadas ne filmait que tôt dans la matinée et en fin d'après-midi pour bénéficier d'une meilleure lumière.
Carlos Reygadas a déjà monté deux versions de Japon. Après réflexion, il ne s'estimait pas satisfait du film tel qu'il a été présenté en janvier 2002 au Festival de Rotterdam. Il a donc modifié quelques passages avant sa projection au Festival de Cannes. Cette dernière version est celle qui a la préférence du cinéaste et qui est par conséquent montrée en salle. La durée du film est passée de 2h23 à 2h02.
Carlos Reygadas explique son choix d'intituler son premier long métrage Japon : "Je trouve que les titres des films sont en général trop descriptifs, et qu'ils devraient davantage évoquer. Je comprends qu'un mot puisse évoquer des choses différentes selon les gens, et c'est justement une invitation faite au spectateur pour partager le film avec moià tous les niveaux. On pourrait aussi se mettre à discuter, par exemple, sur le choix de Terry Gilliam pour Brazil, et cela pourrait d'ailleurs déboucher sur des discussions intéressantes."
Alejandro Ferretis qui tient le rôle principal de Japon est un très vieil ami du réalisateur Carlos Reygadas. Les deux hommes se sont rencontrés pendant leur enfance. La participation de Ferretis au film découle directement de l'amitié entre les deux hommes. Le cinéaste s'est d'ailleurs inspiré de nombreuses anecdotes accumulées au contact de son comédien pour construire le personnage.