Avant que Willem Dafoe n'hérite du rôle du fils de Dieu, Ed Harris a été considéré pour incarner Jésus. Aidan Quinn et Christopher Walken ont également été approchés.
Le film fût violemment critiqué à sa sortie par les intégristes catholiques. Un attentat à la bombe fût même commis dans le cinéma "Espace St Michel" à Paris, qui projetait le film en 1989.
Willem Dafoe n'a rien pu voir pendant 3 jours après avoir reçu trop de gouttes pour dilater les pupilles (alors qu'il se trouvait en plein soleil, pour obtenir un effet "surhumain").
Le film bénéficiant d'un petit budget, certaines économies ont dû être improvisées selon les séquences et le moment. Par exemple, Barbara Hershey devait appliquer elle-même ses faux tatouages car il n'y avait pas assez de maquilleurs pour s'occuper de tout le monde.
Christopher Lloyd, alias l'inoubliable et farfelu Docteur Emmett Brown de Retour vers le futur, a récemment révélé qu'il avait refusé un rôle dans La Dernière tentation du Christ de Martin Scorsese : "Un jour j'ai refusé de tourner dans un film religieux de Martin Scorsese. C'était une grave erreur dans ma carrière", confie le comédien sans en dire plus sur le rôle proposé. Toutefois, la même année que la sortie de La Dernière tentation en 1988, Lloyd a tourné Qui veut la peau de Roger Rabbit, grand succès de l'époque. On ne tiendra donc pas rigueur au Doc d'avoir décliné l'offre du cinéaste new-yorkais.
Willem Dafoe a tourné la scène avec le cobra qui rampe vers lui alors qu'il était la proie d'une forte fièvre. On peut dire que l'acteur a incarné Jésus avec ferveur.
Dans le film, les Juifs ont un accent américain et les Romains un accent britannique.
La voix de Satan est celle de Leo Marks, connu pour avoir écrit le scénario du Voyeur de Michael Powell, une influence majeure du travail de Martin Scorsese.
Dans la scène où Jésus entre dans le temple et que les soldats romains viennent vers lui de toutes les directions, Martin Scorsese a utilisé les 5 mêmes acteurs pour chaque plan. Ceci par souci d'économie, le film bénéficiant d'un budget de seulement 7 millions de dollars.
C'est l'actrice Barbara Hershey qui a donné le livre de Nikos Kazantzakis, "La dernière tentation du Christ", à Martin Scorsese durant le tournage de Bertha Boxcar en 1972. Quand elle a appris quelques années plus tard que le New-Yorkais allait finalement avoir l'opportunité de diriger l'adaptation de l'ouvrage, elle a supplié Scorsese de lui donner le rôle de Marie-Madeleine.
Martin Scorsese a interdit à l'équipe de fumer sur le tournage. Non seulement à cause de son asthme, mais également par souci de ne pas voir de photos où des personnages bibliques seraient vus avec une cigarette à la bouche. Willem Dafoe lui-même, qui fumait à l'époque, a été contraint de respecter cette règle.
Universal Pictures a accepté de produire La Dernière tentation à condition que Martin Scorsese tourne un film commercial pour eux. Le New-Yorkais a donc réalisé, 3 ans plus tard en 1991, Les Nerfs à vif pour la société américaine.
Dans une interview accordée à Entertainment Weekly en 2003, David Carradine a révélé que Martin Scorsese avait pensé à lui pour jouer le rôle de Jésus à l'époque où le New-yorkais a découvert le livre et pensait déjà à en faire l'adaptation.
Le scénario du film a traîné pendant près de cinq ans sur le bureau de l'avocat de Martin Scorsese avant d'être mis en chantier. Bien que "Marty" trouvait le script brillant, il était inquiet vis-à-vis de la réception du film par le public. Son avocat était d'accord et pensait que le public n'était pas prêt pour une telle histoire. Heureusement, La Dernière tentation du Christ a pu voir le jour envers et contre tout.
Très contesté de par son interprétation des Evangiles où Jésus aurait pu aspirer à une vie d'homme ordinaire (considéré comme un sacrilège absolu par les croyants), La Dernière tentation du Christ a été classé 6ème sur les 25 films les plus controversés de tous les temps par Entertainment Weekly en 2006. Martin Scorsese avait pourtant prévenu : "Je n'ai pas fait ce film pour prouver quoi que ce soit à qui que ce soit".