Alan Parker est contacté en septembre 1987, alors qu'il vient de terminer la réalisation d'Angel Heart, pour mettre en scène le scénario de Chris Gerolmo. Gene Hackman est contacté en premier, suivi par Willem Dafoe. Puis la ville de La Fayette, en Alabama, est choisie comme décor principal. Le tournage ne durera que deux mois et demi.
Mississippi burning fait référence à des évènements survenus en 1964, quand trois militants, deux blancs et un noir, respectivement Michael Schwerner, Andrew Goodman et James Chaney, ont été assassinés sur une route du Mississippi.
Pour Alan Parker, c'est une deuxième incursion dans les rites et traditions sud-américains après la réalisation d'Angel Heart (1987), avec Mickey Rourke qui enquêtait sur les rites vaudou de la population noire, à la Nouvelle-Orléans.
Ici, Parker s'attèle à décrire la vie des communautés noires opprimées et persécutées par les blancs, et en particulier par le KKK (Klu Klux Klan).