Avec Comédie de l'innocence, Raoul Ruiz porte à l'écran un roman de l'Itailen Massimo Bontempelli, Il Figlio di due madri (paru en France aux éditions de l'Archipel). Ruiz et Françoise Dumas ont cosigné l'adaptation.
« Pour organiser l'image, Raoul aime avoir une partie de la musique déjà composée. L'esthétique de la musique est définie en fonction des situations et des personnages, de leur intériorité, leur ambiguïté dans le rapport aux autres et à eux-mêmes. Pour Comédie de l'innocence, la musique s'articule autour de six pièces, proche de l'univers du Mikrokosmos de Bartok ; une musique complexe où la tonalité est en fin de compte proche de celle de l'enfance. »
L'héroïne des films de Franju (La Tête contre les murs, Les yeux sans visage, Judex, Thérèse Desqueyroux, Thomas l'imposteur) joue pour la troisième fois sous la direction de Raoul Ruiz. Elle était auparavant apparue dans La Vocation suspendue (1977) et Le Temps retrouvé (1999).
« La maison est un personnage à part entière. Il y a un moment où, pour ainsi dire, il y a un duo entre le personnage d'Ariane, que joue Isabelle Huppert, et la maison : elle se promène et on ne sait pas si c'est la maison qui la mène ou elle qui décide où elle va : la caméra la précède, la place dans le cadre, s'échappe… C'est une maison qui a eu des secrets mais qui a été complètement transformée tout en gardant une espèce de passé : l'extérieur est délabré et l'intérieur a été refait comme un décor de théâtre… »