Si La Mémoire dans la peau est devenu un film d'action culte dès sa sortie en 2002, son processus de conception, et plus particulièrement son tournage, a été extrêmement laborieux. La raison ? Les nombreux désaccords et les tensions permanentes entre le réalisateur Doug Liman (soutenu par Matt Damon) et Universal. Alors que les deux premiers avaient pour ambition de privilégier l'épaisseur des personnages et le réalisme des situations, le second voulait faire un film plus classique, en mettant davantage l'accent sur l'action.
Dès le début du tournage, le studio n'était pas satisfait des scènes tournées par Liman et exigeait souvent de les modifier voire les refaire. D'ailleurs, ces nombreuses séquences retravaillées ont beaucoup contribué quant au décalage de la sortie du film de septembre 2001 à juin 2002 (en plus de l'effet 11 septembre) et ont aussi augmenté le budget initial de huit millions de dollars. Universal voulait ainsi supprimer les scènes se déroulant dans la ferme juste avant l'affrontement entre Bourne et Clive Owen, ce qui aurait atténué la compréhension du héros par le public d'après le cinéaste et son acteur principal.
Il était également question que le final de La Mémoire dans la peau soit, selon la volonté du studio, très spectaculaire, avec notamment une course-poursuite entre l'espion amnésique et des tueurs de l'organisation Treadstone à moto munis de lance-roquettes... Là encore, Liman et Damon ont dû batailler ferme pour éviter cela et conserver une fin plus sobre.
Universal comptait par ailleurs tourner les scènes se déroulant à Paris à Montréal, ce que Doug Liman refusa catégoriquement, la ville canadienne ne ressemblant en rien à la capitale française... Durant le tournage, le studio avait même pour habitude d'envoyer constamment des messages au réalisateur après le visionnage de ses rushes. Parmi eux, il y en avait un lui demandant d'envisager un montage rapide "à la Tony Scott", avec beaucoup d'effets visuels, des mouvements de caméra très rapides et une musique omniprésente. Liman leur a répondu que s'ils souhaitaient cela, il n'avaient qu'à engager le cinéaste de Top Gun...
Au final, cette insistance de Liman et Damon à ne pas se plier aux exigences d'Universal a payé : La Mémoire dans la peau a révolutionné le genre du film d'action/espionnage en y insufflant une bonne dose de réalisme et des personnages complexes. Le film a aussi été une véritable poule aux oeufs d'or qui a par la suite occasionné trois suites encore plus lucratives. Rappelons également que Bourne a permis à Damon de donner un second souffle à sa carrière qui était en bien mauvaise posture après les échecs successifs de La Légende de Bagger Vance et De si jolis chevaux.
Dernier volet de la franchise, La Vengeance dans la peau n'est pourtant pas véritablement une suite à La Mort dans la peau. En effet, les spectateurs avertis constateront que la trame de ce troisième opus vient en réalité s'insérer (pour l'essentiel) entre l'avant-dernière scène et la dernière scène de La Mort dans la peau ! Les dix dernières minutes de La Vengeance dans la peau déroulant ensuite l'histoire de Jason Bourne jusqu'à son dénouement. Un dénouement "aquatique" qui boucle la boucle avec La Mémoire dans la peau. Cette impressionnante construction scénaristique, inédite au cinéma, est à mettre au crédit de Tony Gilroy.
L'une des scènes d'action les plus spectaculaires de La Mémoire dans la peau est sans nul doute celle au cours de laquelle Matt Damon descend une façade d'immeuble à mains nues, le tout sur plus de vingt mètres. L'acteur en garde un souvenir vivace. "Cette descente est probablement ce que j'ai tourné de plus dur au cinéma. J'avais déjà quelques scènes très physiques dans Il faut sauver le soldat Ryan et A l'épreuve du feu, mais celle-ci les bat toutes, car je suis loin d'être un grimpeur confirmé."
Prague, capitale de la République Tchèque, recueille de plus en plus les faveurs des studios, qui voient souvent dans cette ville européenne un merveilleux cadre pour le tournage de leurs films. Dans La Mémoire dans la peau, Prague a servi de réplique à la ville de Zurich. Le producteur Patrick Crowley explique que "Zurich n'est pas très excitante sur le plan visuel, sauf si vous la contemplez à une certaine distance, en relation avec son lac. Nous savions pouvoir trouver à Prague des extérieurs plus dramatiques et plus photogéniques. Par ailleurs, la République Tchèque est connue pour être particulièrement accueillante envers les équipes de cinéma."
L'équipe de La Mémoire dans la peau a tourné à la fois dans les rues et les bâtiments de Paris. Le quartier de Belleville a particulièrement inspiré le réalisateur Doug Liman, pour qui ce quartier représente "le "vrai" Paris, avec son incroyable patchwork de cultures : Chinois, Vietnamiens, Juifs d'Afrique du Nord, Maghrébins, Africains... Tout cela forme un spectacle très stimulant sur le plan visuel et fort éloigné des clichés touristiques."
L'action de la majeure partie de La Mémoire dans la peau se déroule à Paris. Tourner dans la capitale française a constitué un véritable casse-tête logistique pour l'équipe du film. Le producteur Patrick Crowley explique qu'"obtenir des permis de tournage à Paris relève du parcours du combattant. Il faut préparer un épais dossier pour chaque extérieur désiré, en indiquant très exactement où seront placées les caméras, où seront parqués les camions, etc. (...) Par ailleurs, la circulation est si dense qu'il est virtuellement impossible à une grosse équipe de couvrir deux extérieurs dans la même journée. Reste que c'est une des villes les plus belles, les plus photogéniques du monde. Je pense que les extérieurs que nous avons sélectionnés en révéleront des aspects inconnus de la majorité des spectateurs."
Matt Damon a du subir un entraînement physique intense pour préparer son rôle. "J'avais à peu près trois mois pour me former aux arts martiaux, à la boxe, au maniement d'armes, et devenir un parfait assassin", se rappelle le comédien. Celui-ci fut ainsi initié à un art martial philippin méconnu répondant au nom de Kali. Le chef cascadeur Nick Powell explique que cette pratique "repose sur trois ou quatre mouvements simples et très rapides : parade, blocage, annihilation. On le voit très rarement au cinéma, raison pour laquelle Doug (Doug Liman, le réalisateur) l'a adopté sur ce film. Il voulait que Jason, cette véritable machine à tuer, ait une technique de combat bien à lui."
La comédienne allemande Franka Potente, révélée avec le film Cours, Lola, cours!, se voit offrir l'accès au monde hollywoodien grâce à La Mémoire dans la peau. La jeune femme se montre particulièrement enthousiaste au sujet de sa première expérience américaine. "Je pense que La Mémoire dans la peau pourrait bien rénover le thriller à la Hitchcock, car, outre ses scènes d'action", explique-t-elle, "il repose sur des personnages authentiques et des relations très fortes."
Selon Matt Damon, c'est le choix de Doug Liman comme réalisateur de La Mémoire dans la peau qui l'a incité à se lancer dans l'aventure. "J'ai eu envie de faire La Mémoire dans la peau pour Doug, à cause de sa sensibilité de cinéaste. J'étais sûr qu'il ne se contenterait pas de faire un film d'action hollywoodien et je me suis dit qu'il était le réalisateur idéal avec qui tenter ce genre d'expérience."
Le réalisateur Doug Liman souhaitait vivement que La Mémoire dans la peau soit un film reflétant l'image exacte d'un monde, en l'occurence l'espionnage, qui est traité par le septième art de manière plus ou moins réaliste. "La plupart des films d'espionnage relèvent de la pure fantaisie", explique Doug Liman. "J'ai passé un certain temps à Washington, à l'époque où mon père travaillait sur le dossier Iran-Contra, j'y ai vu surgir de vrais espions, et n'en ai jamais rencontré un seul qui ressemble à l'image qu'en donne le cinéma."
Jason Bourne, le héros de La Mémoire dans la peau, est issu de l'imagination du romancier Robert Ludlum. Ce maître de la littérature d'espionnage a consacré trois best-sellers à ce personnage : La mémoire dans la peau (1980), La Mort dans la peau (1986) et La Vengeance dans la peau (1990).
Le romancier, décédé en mars 2001, officie en tant que producteur exécutif du long métrage, et a accepté que cette adaptation diffère librement de son roman, afin d'attirer une nouvelle génération de spectateurs.