En territoire ennemi marque la première collaboration entre Owen Wilson et Gene Hackman. Les deux acteurs seront à nouveau partenaires dans The Royal Tenenbaums (2001), une comédie de Wes Anderson.
Ancien opérateur radio dans les Marines, Gene Hackman apporta une certaine authenticité à son rôle en mettant à contribution sa connaissance des procédures militaires. Le capitaine David Kennedy, conseiller technique du film, a d'ailleurs déclaré : "Gene a parfaitement capté les qualités d'un officier supérieur, notamment l'attention vigilante portée à la sécurité et au bien-être de ses hommes".
Pour les extérieurs du porte-avions, l'équipe de En territoire ennemi obtint, à titre exceptionnel, l'accord du Département de la Défense (DOD) de filmer sur deux bâtiments de guerre. Six mois de démarches administratives, de planning et de présentations détaillées furent nécessaires pour l'obtention des deux navires U.S.S. Constitution et U.S.S. Carl Vinson.
Décidé à moderniser le film de guerre, le producteur John Davis a sélectionné John Moore sur la base d'un spot publicitaire SEGA réalisé à la manière d'un petit film d'action avec des cascades et des effets visuels spectaculaires. Le metteur en scène possédait par ailleurs une connaissance précise du conflit bosniaque et du matériel militaire qu'il mit à profit pour décrire en détail la vie quotidienne sur un porte-avions.
Durant la préparation de En territoire ennemi, Owen Wilson vécut au rythme des pilotes de l'air, s'entraîna à des exercices de survie et s'initia au fonctionnement des avions de combat Superhornet F/A-18 sur une base de la Navy.