Par soucis d'authenticité, les studios DreamWorks ont consulté près de 600 experts en religion. Des anthropologues, des historiens et des archéologues ont aussi été mis à contribution dans le but, entre autres, de donner aux personnages des caractéristiques physiques « scientifiquement valides. »
Le créateur du design des personnages d'Hotep et Huy s'est en partie inspiré des acteurs français Louis de Funès et Bourvil dans le film La Grande Vadrouille.
La conception de la séquence de la séparation de la mer Rouge (4 minutes) a nécessité deux ans et dix animateurs...
Ce film est interdit en Malaisie, aux Maldives et en Égypte.
Le Prince d'Égypte a été le film d'animation non Disney le plus cher jamais réalisé à l'époque (70 millions de dollars). Il a ensuite été battu en 2001 par Final Fantasy : Les créatures de l'esprit (137 millions).
Au cours de la séquence "All I Ever Wanted", Moïse pointe une faucille vers un mur avec des gravures égyptiennes. A gauche de la faucille, nous pouvons voir une gravure de l'apparence de Moïse enfant.
Le film a été récompensé par l’Annie Awards (récompensant les films d’animations) de la meilleure musique pour le titre ‘’When you Believe’’ interprété par Mariah Carey et Whitney Houston.