La Communion s’inspire de l’histoire d’un jeune homme polonais de 19 ans qui s’est fait passer pour un prêtre pendant environ trois mois. Fasciné par ce rôle, il célébrait des mariages et des baptêmes et s’est révélé plus efficace dans son travail que son prédécesseur. « C’est ça qui est intéressant, c’était quelqu’un qui n’avait pas baigné dans l’Eglise et qui ne se préoccupait pas du dogme officiel, mais les gens étaient satisfaits de son travail », explique le réalisateur. Des actes similaires ont lieu chaque année, souvent perpétrés par des personnes qui cherchent à échapper à la justice. Le scénariste du film, Mateusz Pacewicz, a découvert ce fait divers alors qu'il écrivait un article dessus en tant que journaliste. La partie dans le centre de détention pour mineurs ainsi que la tragédie qui a frappé le village sont des éléments fictifs qu’il a ajoutés.
Le personnage de Daniel ne peut pas devenir prêtre car il a commis un meurtre. Si l’on veut devenir prêtre alors qu’on a commis un crime, il faut écrire au Vatican et le Pape peut vous absoudre, ce qui est très rare. Le réalisateur explique : « C’est un processus long et complexe. En revanche, un criminel peut entrer dans un monastère car quand on est moine, il n’est pas nécessaire d’avoir un passé irréprochable et un casier judiciaire vierge. Mais devenir prêtre quand on s’est rendu coupable d’homicide est un parcours du combattant, quel que soit le milieu d’où vous venez ».
Le réalisateur a tout de suite été séduit par Bartosz Bielenia : « Il est très intelligent, lit beaucoup et connaît tout. Il a une vie spirituelle intense et pratique le bouddhisme. Pour se préparer au rôle, il a lu énormément d’ouvrages sur la religion catholique dont les Encycliques rédigés par Jean-Paul II et le Pape François ».
Le réalisateur a privilégié les plans fixes car il voulait que le cadre soit comme une prison aux murs inamovibles, avec les personnages enfermés à l’intérieur : « De cette manière, l’atmosphère devient plus oppressante et brutale ». Il a toutefois briser ce postulat formel avec le premier plan du film et la séquence finale, filmée à l’épaule : « Cette caméra qui bouge dans le décor carcéral crée un contraste, une contradiction, un contrepoint. À décor figé, caméra mobile et à décor en mouvement, caméra fixe. Je me suis dit que c’était la composition idéale pour le film ».
La majeure partie du film a été tournée dans un petit village dans le Sud-est de la Pologne et les scènes de prison dans une école à Varsovie.