Profession du père est adapté du roman du même nom écrit par Sorj Chalandon. Le réalisateur Jean-Pierre Améris explique : "J’aime chez lui ce thème récurrent de la mystification, que l'on retrouve par exemple dans Mon Traître : des personnages qui se font avoir par un autre qui leur raconte des fictions auxquelles ils croient dur comme fer, et cette douleur qui est celle de découvrir que l'on a été berné, que tout était faux. Lorsque j'ai lu Profession du père, j'ai trouvé que c'était une clé de son œuvre puisqu’on y découvrait l'enfance de l'auteur. On y comprenait que le personnage originel, c'était le père. Un grand mythomane, le premier à raconter des histoires."
Jean-Pierre Améris connait bien Benoît Poelvoorde pour l'avoir dirigé dans Les Emotifs anonymes et Une famille à louer. Le cinéaste confie : "Dès l’écriture j’ai pensé à lui et je crois que ma toute première indication pour jouer ce rôle était que l’on devait penser à Alberto Sordi ou Vittorio Gassman. Des grands fous qui n’avaient pas peur d’être dans l’excès, d’endosser les travers humains."
Le jeune Jules Lefebvre incarne le petit Emile. Jean-Pierre Améris l'a découvert dans le thriller Duelles aux côtés de Veerle Baetens. Le cinéaste se rappelle : "Benoît parle de lui comme un de ses meilleurs partenaires. Ils étaient très complices. J’avais en mémoire les leçons de Truffaut sur la manière de diriger de jeunes acteurs. Il faut représenter, ressentir le plus sincèrement possible les émotions sans jamais perdre le plaisir enfantin du jeu. Et Émile et Benoît ont beaucoup joué."
Le film se déroule en grande partie dans le huis clos de l’appartement familial. Les extérieurs (l’école, les rues hautes de Lyon, etc.) sont des décors qui apparaissent eux aussi fermés au monde extérieur. Jean-Pierre Améris justifie ce choix : "J’ai indéniablement un rapport au thème de la claustration. C’est une question qui me taraude. Où est mon abri ? Normalement le foyer familial est le lieu où l’on se sent rassuré. Et là c’était le lieu de l’angoisse. Et ce thème, en effet, je le filme non seulement dans l’appartement mais aussi dans le vieux Lyon dont le côté petit théâtre m’a bien servi."
Avec Profession du père, Jean-Pierre Améris ne voulait pas reconstituer le Lyon des années 1960 de manière fidèle : "Les rues sont fermées et le fait de n’y voir presque personne n’était pas imputable au manque de moyens mais bien à une volonté de ma part pour faire de ce décor extérieur une sorte de petit monde mental qui est celui de l’enfance", précise le metteur en scène.
Pour le décor central du film, l'appartement de la famille Choulans, les références de Jean-Pierre Améris étaient Conjuring 2 et Le Locataire de Roman Polanski. Le réalisateur explique : "Je me souviens de la chambre de mes parents, au bout d’un couloir et de ma terreur à l’idée d’y aller. C’était grand. Ça grinçait... Et du coup qu’est-ce que je fantasmais ! Ce n’est pas pour rien si à l’adolescence, j’ai adoré les films d’horreur. C’est la base de tout. Pour moi le cinéma est lié à la peur. Aller chercher dans les salles obscures la peur que j’éprouvais au sein de ma famille, sans doute pour mieux la canaliser. Comme une catharsis."