Kaspar Jancis, réalisateur de Capitaine Morten et la reine des araignées, a réalisé de nombreux courts-métrages d'animation. Il se consacre parallèlement à la musique et son travail de compositeur lui a valu la récompense de la meilleure musique de théâtre d’Estonie en 2013. En 2014, il se lance dans la création des décors du ballet Petrushka pour l’Opéra National d’Estonie.
Ce film est une première pour le réalisateur qui n'avait jamais pratiqué la technique d'animation en stop-motion. Il avait à son actif de nombreux courts animés mais en 2D et à destination d'un public adulte. Souhaitant diriger son travail vers une nouvelle perspective, il s'est tourné vers la stop-motion qui représentait un "challenge très intéressant : je n’avais jamais rien fait avec des objectifs de caméra, des lumières, des décors en trois dimensions, c’était très excitant d’essayer".
Il revient sur la principale difficulté rencontrée : "Le plus gros challenge a été la fabrication des marionnettes car Nukufilm n’avait pas d’expérience avec le matériau utilisé pour cette fabrication. Il y a donc eu beaucoup de tests. Lors du design des personnages, il est important de garder à l’esprit la mécanique et le physique des personnages".
Kaspar Jancis s'est inspiré des étés qu'il passait enfant au bord de la mer à construire des jouets en bois et plus particulièrement des bateaux. Entouré de marins et évoluant dans une maison décorée de photos de vieux voiliers, cet univers a nourri son imaginaire d'enfant. Une fois devenu adulte et père, le réalisateur a voulu revenir vers ce monde et a élaboré une première version de l'histoire de Capitaine Morten et la reine des araignées sous la forme d'une pièce mêlant animation, théâtre et cirque.
Avant d'être un film, Capitaine Morten et la reine des araignées a été un projet de pièce de théâtre qui s'est transformé en livre pour enfants, écrit par Kaspar Jancis. L'ouvrage était accompagné d'un CD dont la musique était composée elle aussi par Jancis. Grand succès en librairie, le projet a séduit la radio publique estonienne qui en a fait une émission devenue très populaire.
Au même moment, le réalisateur a rencontré les dirigeants du studio Nukufilm qui cherchait à produire leur premier long métrage d'animation familial. Avec l'artiste et co-réalisateur Riho Unt, il a créé les premiers dessins des personnages, marionnettes et produit le premier teaser du film avant l'écriture du scénario qui a vu le jour en 2012 avec la collaboration de Mike Horelick.
Capitaine Morten et la reine des araignées est une animation de marionnettes classique à laquelle s'ajoutent des images de synthèses pour les éléments liquides comme l’eau. Le réalisateur explique : "Comme l’eau joue un rôle important dans le film, nous voulions qu’elle soit aussi réaliste que possible. C’est pourquoi nous avons fait le choix des images de synthèses, pour en contrôler tous les aspects aussi précisément que possible".
Le titre original du livre Morten on the Ship of Fools fait référence à la littérature médiévale tardive. La nef des fous est d’abord un motif de la littérature où les métaphores de la navigation symbolisent à la fois le cours de l’existence et l’aventure artistique de l’écrivain. Il devient au Moyen Âge un motif carnavalesque inspiré par une réalité historique qui consistait à isoler les fous sur un bateau.
Capitaine Morten et la reine des araignées s’inspire de ce concept, comme l'explique le réalisateur : "un garçon se retrouve sur un bateau qui symbolise le monde obsessionnel des adultes où règne la méfiance. En même temps, il décrit l’incertitude qui se niche dans le subconscient d’un enfant qui est en manque de l’attention de son père. Les insectes qui imitent les humains sont aussi des caricatures de notre agitation quotidienne".
Les marionnettes sont faites avec du silicone sur armature tandis que les costumes sont faits en textile fin et en cuir. Une seule marionnette nécessite plusieurs semaines de travail. Le réalisateur précise : "Il y a toute une science derrière la fabrication des marionnettes en silicone, il faut être extrêmement précis pour faire des marionnettes de qualité qui peuvent tenir pendant tout le tournage d’un long-métrage. Il faut aussi une grande quantité de pièces de rechange. Nous avions également différentes têtes pour les différentes expressions de chaque personnage".
Le studio d'animation estonien Nukufilm (qui signifie "film de marionnettes") est le plus ancien studio d’animation en stop-motion du monde encore en activité. Il a fêté ses 60 ans d'existence en 2017. Le tout premier court métrage réalisé par Nukufilm est Little Peter’s Dream (Le Rêve du Petit Peter) en 1957. Il s'agit du seul studio de stop-motion en Estonie et plus largement en Europe du Nord.
Le directeur Andres Mänd revient sur son histoire : "Malgré les bouleversements économiques liés à l’indépendance de l’Estonie en 1991, nous avons réussi à maintenir l’activité de notre studio et ce, grâce à la co-production avec les télévisions islandaises et finlandaises. Nukufilm est une entreprise qui a une ambition artistique. Nous avons produit plus de 220 titres et reçu plus de 200 prix ou récompenses dans différents festivals internationaux de courts métrages d’animation. Le studio est situé dans le centre de Tallinn avec 700m2 d’espace et 28 professionnels répartis sur toutes les étapes de la production".
Le budget total de Capitaine Morten et la reine des araignées est de 6,2 millions d’euros. Pour compléter l'apport budgétaire estonien, la production a fait appel à des coproducteurs étrangers, en l'occurence anglais, irlandais et belges. 40 minutes du film ont été tournées en Estonie et les 40 autres minutes en Irlande. La post-production a été réalisée en Belgique.