Avec Les Drapeaux de papier, Nathan Ambrosioni réalise son troisième long-métrage à seulement 19 ans ! Auteur également de plusieurs courts, il a commencé à tourner dès l'âge de 15 ans. Bien que ses parents ne soient pas du tout dans le milieu du cinéma, ils l'ont encouragé dans sa passion. Son père l'a ainsi aidé à monter une association afin d'encadrer ses tournages : "C’était toujours du cinéma amateur, sans but lucratif, mais au moins on était en règle" raconte le jeune cinéaste. Les Drapeaux de papier est son premier film produit "traditionnellement".
Passionné de films d'horreur lors de son adolescence, Nathan Ambrosioni en a réalisé deux (Hostile et Therapy) à 15 et 17 ans. C'est Mommy de Xavier Dolan qui lui donne envie de se diriger vers un autre cinéma : "Le film m’a beaucoup plu, m’a fait comprendre qu’on pouvait faire ressentir au spectateur autre chose que la peur – le ressort classique du cinéma d’horreur. J’adore le cinéma qui provoque quelque chose de sensoriel. J’adore aller au cinéma voir les gens pleurer : un film qui arrive à émouvoir trois cents personnes en même temps, c’est passionnant ! J’ai eu envie de faire des films comme ça moi aussi".
Désireux d'écrire sur la notion de liberté, Nathan Ambrosioni a eu l'idée des Drapeaux de papier en lisant un article dans Libération consacré à un ancien prisonnier qui se retrouvait totalement livré à lui-même à sa sortie, une fois sa peine purgée : "Il parlait de la liberté comme quelque chose de tangible, de matériel, quelque chose de proche et d’inatteignable, qui l’attirait et l’effrayait en même temps. Ses mots m’ont inspiré pour la scène où Vincent va chez la psy (…). Ses questions rimaient avec les miennes, à mon petit niveau".
Nathan Ambrosioni a commencé à écrire les Drapeaux de papier alors qu'il était en terminale. N'ayant jamais étudié l'écriture de scénario, il s'est lancé de lui-même avec l'aide d'un logiciel en ligne qui l'aidait à mettre son script en forme. Malgré son inexpérience, cette phase n'a pas été difficile pour lui car c'est un exercice qu'il adore. Il écrivait en parallèle le découpage, habitué à monter lui-même ses films. Une fois cette V1 achevée en deux semaines, il a démarché plusieurs sociétés, dont Sensito Films. Après plusieurs relances de sa part, il finit par rencontrer la productrice Stéphanie Douet qui le pousse à retravailler son script. Son bac en poche, il décroche l'Avance sur recettes en septembre 2017 et débute le tournage en janvier 2018.
Malgré son expérience dans le milieu du cinéma et alors qu'il attendait la réponse de l'Avance sur recettes, Nathan Ambrosioni a découvert que ses choix post-Bac n'avaient pas été validés : "malgré mes bonnes notes, on m’avait refusé la Sorbonne et un BTS audiovisuel. Je me retrouvais avec une fac littéraire qui ne m’intéressait pas !" Le tournage des Drapeaux de papier est donc tombé à point nommé.
Le rôle de Charlie a été écrit spécialement pour Noémie Merlant, que le réalisateur avait déjà contactée pour un précédent projet fantastique. Quant à Guillaume Gouix, c'est par le biais de son agent qu'il a lu le scénario. Emballé par l'histoire et par le fait de travailler avec un jeune réalisateur, il a accepté de participer au projet. L'acteur donne pour la première fois la réplique à sa compagne Alysson Paradis. "Je lui ai parlé d’Alysson Paradis pour Emma et c’est lui qui m’a dit qu’il pouvait lui transmettre le scénario : je savais qu’ils vivaient ensemble. Elle a accepté : c’était génial de les avoir. Parce que le rôle d’Emma est assez court, et qu’il fallait qu’on sente une alchimie entre les deux personnages", explique le réalisateur.
Le compositeur Matthew Otto et le réalisateur ne s'étaient jamais rencontrés avant que le film ne soit projeté au Canada. Jusque-là, les deux hommes s'étaient entretenus uniquement par téléphone.