Selon la réalisatrice, Matar a Jesús est "une réflexion sur la notion de justice, le désir de vengeance et le pardon. Le pardon est très intime et il est souvent associé à la foi". Il s'agit également d'un acte de résistance face à la justice et son inertie : "il est difficile de ne pas céder à la tentation de faire justice soi-même. Résister et cesser de nous entretuer est le grand défi que nous devons mener en Colombie afin de briser le cycle de la violence".
À l'instar de l'héroïne de son film, la réalisatrice Laura Mora a perdu son père en 2002, mort assassiné à Medellin. Partie faire des études de cinéma en Australie alors qu'elle ne parvenait pas à faire son deuil, Mora fait un jour un rêve dans lequel elle se trouve à Medellin. Là, un garçon s'approche d'elle et lui dit "Je suis Jesús, j’ai tué ton père". Ce rêve lui donne l'impulsion d'écrire une cinquantaine de pages qui allaient devenir Matar a Jesús.
La Colombie est depuis des décennies le théâtre de violences perpétrées par la guérilla armée et les narcotrafiquants. Elle subit également la corruption qui ronge l'État. Entre 2000 et 2002, presque 10 000 personnes ont été tuées dans les rues de Medellin par des sicarios qui exécutent leurs contrats en tirant à bout portant sur leurs victimes.
La réalisatrice a décidé de travailler avec des acteurs non professionnels, plus à même selon elle d'apporter une forme de réalisme au film : "[...] à travers leurs expériences et leurs sentiments les plus réels, [ils] pouvaient témoigner, à travers leurs parlers, leurs relations avec la ville et la violence, l’authentique beauté d’une vie tragique".