L'Empereur arrive 12 ans après le premier documentaire de Luc Jacquet consacré aux manchots La Marche de l'Empereur qui a totalisé (2 millions d'entrées en France et 127 millions de dollars de recettes mondiales. Le film est longtemps resté "plus gros succès français" au box-office américain et est toujours classé au deuxième rang des documentaires les plus lucratifs sur le sol américain (avec 77 millions de dollars de recettes).
Passionné par l’Antarctique,Luc Jacquet n’a jamais cessé, depuis sa première expédition à l’âge de 23 ans, d’y retourner. L'Empereur est sa 3ème réalisation se déroulant en Antarctique après La Marche de l’Empereur et La Glace et le Ciel.
Ecologue de formation, le réalisateur utilise le cinéma "afin de donner une caisse de résonnance à des hommes qui produisent une connaissance qui n’est pas entendue". Il a dans ce but fondé l’ONG Wild-Touch, spécialisée sur les questions du développement durable.
C'est le comédien Lambert Wilson qui a été choisi pour raconter cette incroyable aventure. La Marche de l'Empereur - qui s'intéressait au cycle de reproduction des manchots - était narré par Romane Bohringer, Charles Berling et le jeune Jules Sitruk.