Pour le cinéaste Gabriele Salvatores, il s'agissait de traiter ici du thème de l'adolescence sur un thème fantastique. L'idée du pouvoir que se découvre le personnage de Michele joué par Ludovico Girardello renvoie pour le réalisateur à la transformation du corps au moment de la puberté, comme il l'explique : "J'ai toujours pensé que l'adolescence était l'une des périodes les plus difficiles dans la vie d'un être humain. Notre propre corps nous devient étrangers, on se regarde dans le miroir et on ne se reconnaît pas, on sent qu'à l'intérieur de nous-mêmes, un étrange pouvoir (un superpouvoir?) est en train de naître sans qu'on sache comment l'utiliser... Et ce d'autant plus que l'on n'a pas encore bien compris qui l'on est et quelle est notre place dans le monde. Je suis certain que tous les adolescents se sont sentis, au moins une fois, "invisibles". Ou ils ont désiré l'être. Et tous, au moins une fois, auront désiré avoir un pouvoir spécial qui les protège et fasse d'eux des héros "just for one day", comme le chante David Bowie."
Le film marque les retrouvailles entre Gabriele Salvatores et la comédienne Valeria Golino qui interprète ici le rôle de Giovanna, la mère de Michele. Le réalisateur avait dirigé l'actrice italienne dans Puerto Escondido en 1992. La perspective de travailler de nouveau avec Gabriele Salvatores fut notamment l'une des raisons principales qui décida Valeria Golino à tourner dans Le Garçon Invisible.
Le Garçon Invisible est la toute première expérience comme comédien pour le jeune Ludovico Girardello qui joue le personnage de Michele. C'est au terme d'une série de cinq essais que le jeune homme fut retenu pour le film.
A la suite du film, Le Garçon invisible fut décliné sous la forme d'une bande dessinée puis d'un roman. Compte tenu de la thématique des super héros que développe le film, la bande dessinée se présente sous la forme d'un comic-book à la manière des albums Marvel qui ont influencé Gabriele Salvatores au moment de la réalisation du film. Le roman va, quant à lui, se focaliser essentiellement sur les personnages et les évènements qu'ils vivent dans le présent du film.
Pour Gabriele Salvatores, Le Garçon invisible est l'occasion de réfléchir au concept de réalisme qui a énormément influencé le cinéma. Le réalisateur déclare : "Même si le fantastique n'est pas très présent dans notre cinéma, il a nourri les jeunes générations. Notre culture moderne, basée sur la forme esthétique du réalisme, s'est enrichie de nouvelles idées et de nouveaux imaginaires. Le concept même de réalisme, après la découverte de l'inconscient et l'avènement de la " réalité virtuelle ", devrait être redéfini."
Le personnage de Michele se découvre un jour le pouvoir de se rendre invisible. Un pouvoir particulier dont Gabriele Salvatores explique pourquoi il l'a choisi plutôt qu'un autre : "Parmi tous les superpouvoirs, l'invisibilité est celui qui est le plus intime et le plus discret : on ne peut pas voler dans les airs, on ne devient pas une torche humaine, on n'abat pas les murs... On peut seulement disparaitre. Un superpouvoir de l'âme. Une phrase m'a toujours frappé, celle de Stan Lee, l'auteur de Spiderman chez Marvel : "Des super-héros avec des super problèmes !"."
Au sein du casting du film, on retrouve le comédien français Vernon Dobtcheff, éternel second rôle aussi bien du cinéma français puisqu'ayant notamment tourné avec des cinéastes comme Jean-Paul Rappeneau, Claude Lelouch, André Cayatte ou Jean-Jacques Annaud, qu'étrangers. En effet, celui qui a déjà cinquante ans de carrière derrière lui a tourné pour des réalisateurs italiens comme Pier Paolo Pasolini et Paolo Sorrentino ; américains à l'image de Steven Spielberg et James Ivory ; ainsi que devant la caméra de l'Allemand Volker Schlöndorff et du Polonais Jerzy Kawalerowicz. Le Garçon invisible n'est donc qu'une étape de plus dans la carrière de l'un des comédiens français les plus "internationaux".