Après avoir voulu Coluche pour le rôle d'Ugolin, Claude Berri décida d'engager Jacques Villeret. Mais Yves Montand et Simone Signoret s'opposèrent au choix du cinéaste, et c'est finalement Daniel Auteuil qui décrôcha le rôle.
Claude Berri a dû attendre près de 10 ans pour réaliser le film, Jacqueline Pagnol ayant refusé une première fois qu'il adapte les romans de son mari.
Avant d'exister sous l'état de roman, Manon des sources était un scénario écrit par Marcel Pagnol en 1951 et destiné à son épouse Jacqueline qu'il avait auparavant dirigée dans Naïs (1945) et La Belle meunière (1948). Fasciné par l'eau, l'auteur-cinéaste en fera le thème central de son récit qui deviendra un film en juin 1952. Dix ans plus tard, Marcel Pagnol décidera d'en faire un roman qu'il baptisera L'Eau des collines et qui sera divisé en deux tomes : Jean de Florette et Manon des sources.
Ayant passé toute son adolescence à Avignon, Daniel Auteuil dut rapidement retrouver l'accent méridional pour le rôle d'Ugolin, ce même accent qu'il s'était efforcé de perdre en montant sur la capitale.
Sur ce tournage, Claude Berri a fait le choix de ne pas se montrer dirigiste avec ses acteurs. Compte tenu de leur expérience et de leur niveau de jeu, il a préféré se contenter de leur offrir le cadre et les conditions les plus adaptés à leur épanouissement.
Le tournage de Jean de Florette et Manon des sources a duré 8 mois, étalés sur l'année 1985. Un véritable marathon pour Claude Berri qui, en tout, aura passé 3 ans sur ce projet, 1984 ayant été consacré au travail d'adaptation et aux repérages et 1986 au montage et à la préparation sortie salles. Quant au budget, 110 millions de francs, c'est l'un des plus impressionnants dont a été pourvue une production française.
La première fois que Yves Montand s'est vu proposer le rôle de César Soubeyran - c'était lors des préparatifs de sa tournée mondiale - il l'a tout bonnement refusé, car il ne souhaitait pas paraître plus vieux à l'écran. Cet excès de coquetterie, l'acteur la mettra de côté lorsque Claude Berri, revenant à la charge, l'invitera à faire quelques essais avec Coluche, initialement pressenti pour jouer Ugolin. Se découvrant déguisé en Papet, Yves Montand aura aussitôt le coup de coeur pour ce personnage.
C'est au Maroc, alors qu'il travaillait sur un nouveau scénario, que Claude Berri fit la découverte des deux volumes de la saga L'Eau des collines. Ceux-ci étaient alors exposés en kiosque et le coup de foudre à la lecture fut immédiat.
Pour préparer au mieux son rôle de gardienne de troupeaux, Emmanuelle Béart dut se soumettre à un stage chez un chevrier. Ceci afin de connaître les rudiments de la traite et la gestion des chèvres.
Le tournage s'est essentiellement déroulé dans les environs d'Aubagne, le village natal de Pagnol, et à Mirabeau, une petite commune également située dans le Vaucluse.