Seuls est l'adaptation d'une bande dessinée à succès de Fabien Vehlmann et Bruno Gazzotti, parue depuis 2006. Sur les vingt albums qui devraient composer la série, dix ont pour l'instant été publiés. Le film est l'adaptation des cinq premiers tomes.
C'est le scénariste et réalisateur Julien Rappeneau qui a convaincu David Moreau d'adapter Seuls. Une révélation pour le cinéaste : "Il m’a expliqué que ses enfants étaient fous d’une BD qui correspondait exactement, selon lui, à ce que j’aimerais faire. 19 minutes plus tard, je passais en caisse avec les albums. Je les ai dévorés d’une traite et j’ai tout de suite su que j’avais envie d’en faire un film". Fan de fantastique et d'horreur, Moreau a vu en Seuls l'opportunité de faire un film de genre qui pouvait rencontrer un large public.
David Moreau a déjà de la matière pour une suite éventuelle à Seuls, qu'il se verrait bien réaliser : "Si le public répond présent, j’ai déjà les histoires pour deux longs métrages derrière celui-là ! Il peut vivre en tant que film unique, il se suffit à lui-même mais il ouvre aussi la porte sur un univers plus large", confie-t-il. "Mais il faudra aller vite, car les acteurs vont grandir et vieillir !"
Pour cette adaptation, David Moreau a préféré mettre en avant le personnage de Leïla plutôt que Dodji, plus central dans la bande dessinée. "Si je l’ai choisi, c’est sûrement parce que je trouve que les personnages féminins plus intéressants face à l’adversité. Gros caractère, garçon manqué et très farouche, j’adore le fait que Leïla soit à la fois la plus fragile et la plus forte", déclare le réalisateur. Les héros sont également un peu plus âgés, afin d'apporter plus de crédibilité à l'histoire.
Une scène de Seuls était particulièrement difficile à tourner pour les cinq adolescents : celle où le groupe est poursuivi par le maître des couteaux et doit s'enfuir en escaladant un grillage sous une pluie torrentielle. "Les techniciens utilisaient de la fausse pluie et après chaque prise, nous étions trempés et gelés. Un vrai calvaire ! Je ne voulais surtout pas prendre le risque d’être malade le lendemain. Le tournage n’a pas été évident mais c’était amusant", raconte Stéphane Bak. "Il faisait froid, le rythme du tournage était fatigant, nous étions parfois découragés, mais nous n’avons jamais regretté d’avoir été choisis pour jouer dans le film !", ajoute Jean-Stan du Pac.
Avant de confier l'adaptation de la bande dessinée à David Moreau, Fabien Vehlmann et Bruno Gazzotti ont été approchés à plusieurs reprises, notamment par le réalisateur Jaco van Dormael. "Nous étions très flattés car nous aimons beaucoup ses films. Il avait envie d’une trilogie mais, alors que les négociations étaient déjà bien avancées, les producteurs nous ont demandé s’il était vraiment indispensable que des enfants meurent… Nous leur avons répondu que cet élément constituait l’ADN de Seuls et que si l’on ne racontait pas ça, le film n’aurait plus rien à voir avec la série originelle !", explique ce dernier. Le duo a également été approché par France 2, qui n'a pas donné suite après avoir découvert le sort des enfants.