Comme souvent pour les documentaires, le tournage s'étale sur plusieurs années. Tout va bien - le premier commandement du clown a ainsi mis deux ans avant de pouvoir passer en salle de montage : "Nous nous plaçons au coeur de l’expérience. Nous ne nous mettons pas en scène, mais accompagnons les élèves dans leur questionnement, découvrant avec eux les enjeux". Rosenblatt et Desjardins ont réellement suivi pendant deux ans tout le quotidien des élèves de l'école Samovar, les écoutant et filmant lors de chacun de leurs exercices.
Lardux Films, qui produit le film, est une boîte de production reconnue pour son originalité et son esprit débridé. Elle est habituée à produire des films d'animation (souvent de courts métrages, comme La Vache qui voulait sauter par dessus l'église, de Guillaume Casset) ainsi que des films documentaires politiquement engagés (L'Aube, de Pierre Merejkowsky).
Tout va bien - 1er commandement du clown est la toute première réalisation de Émilie Desjardins et Pablo Rosenblatt. Cependant, ce dernier avait déjà travaillé avec des clowns sur le tournage de Babel Circus, de Delphine Deffieux où il était chef opérateur. Il a également touché au documentaire en co-réalisant avec Isabelle Roy le film Jura. Emilie Desjardins rejoint le réalisateur après plusieurs mois de tournage et offre son expérience du documentaire (Jusqu'à nouvel ordre) de monteuse en tant que co-réalisatrice à Tout va bien - 1er commandement du clown.
Tout va bien est un titre français déjà utilisé pour plusieurs films. C'est d'ailleurs en partie pourquoi celui de Pablo Rosenblatt et Émilie Desjardins porte le sous-titre 1er commandement du clown. En 1972, un film de Jean-Luc Godard (et Jean-Pierre Gorrin) sort sous ce nom, sauf qu'au lieu de clowns, il s'agit d'une mise en abîme du cinéma à travers un couple de Parisiens incarnés par Janes Fonda et Yves Montand. Tout va bien est également un film de Kirk Jones, qui s'interroge sur la complexité des relations familiales, avec Robert de Niro, Kate Beckinsale et Sam Rockwell. Quoi qu'il en soit, ce titre amène toujours à des considérations sociologiques : le court-métrage de Hervé Hiolle, toujours au même titre, marque ainsi l'hypocrisie d'une soirée entre amis.
L'école de clown Samovar professe dix commandements à ses élèves qu'ils doivent tenter d'appliquer dans l'apprentissage de la profession et dont le premier a inspiré le titre et l'ambiance du film.
1 - Tout va bien.
2 - Pour trouver la liberté, tu chercheras
la contrainte.
3 - Tu seras toujours dans le présent
et tu arriveras toujours à l’heure.
4 -Tu ne seras sûr de rien, mais
tu ne douteras jamais.
5 - Tu diras toujours oui, même quand
tu diras non.
6 - Tu vivras sans protections, avec
tes résistances.
7 - Tu seras toujours détendu, vif
et élégant.
8 - Tu chercheras le petit pour trouver
le grand.
9 - Tu iras toujours jusqu’au bout.
10 - Tu jubileras de tout.
Alors même que Pablo Rosenblatt et Emilie Desjardins ont passé ces deux dernières années en compagnie d'apprentis clowns, ils avouent eux-mêmes en avoir eu peur toute leur enfance. Sans atteindre le niveau de la phobie (coulrophobie : la peur générée par les clowns), l'un les considérait comme des êtres hors de l'espace social et de toute règle de conduite donc effrayants, l'autre les voyait comme poussiéreux et dépassés, ne comprenant pas le comique de leur tours.