Selon la réalisatrice Audrey Estrougo, le projet du film est né du refus d'un autre projet cinématographique par la production. Elle s'attacha à une nouvelle idée significative de son cinéma dans une volonté de partager quelque chose avec le spectateur, au-delà du divertissement et en s'émancipant des contraintes économico-commerciales qu'impose souvent la création d'un film.
Ne pas vouloir dépendre de la production, cela veut aussi dire que la cinéaste devait tourner avec un modeste budget et une équipe réduite. Elle réunit donc les techniciens de ses précédents films qui acceptent de travailler bénévolement sur le film, loue le matériel adéquat à un prix réduit, et finance Une histoire banale grâce à une récolte de fonds sur le web. C'est avec ces quelques 8000 euros qu'elle est parvenue à tourner et monter son film.
Pendant les trois semaines que durèrent le tournage, l'équipe du film et les acteurs se retrouvaient chaque jour dans le petit appartement de la réalisatrice où étaient tournées la majorité des scènes, soit dans moins de 40m² pour une dizaine de personnes. La fin de journée se terminait souvent dans la salle de bain où l'actrice principale, Marie Denarnaud, se rhabillait pendant qu'Audrey Estrougo nettoyait ses toilettes et faisait un debriefing des scènes du jour avec la comédienne.
La cinéaste rencontre Marie Denarnaud lors du casting des "Taulardes", et décide de garder l'actrice pour le rôle principal d'Une histoire banale. Estrougo dit suivre la comédienne depuis sa participation au film de Xavier Giannoli, Les Corps impatients mais leur véritable rencontre fut comme un coup de foudre : "Et puis un jour, on s’est rencontrées et on ne s’est plus lâchées. Ça a été immédiat, une évidence. Elle a dans son énergie un truc qui donne tellement envie, en tout cas à moi, ça me fait envie !" Elle pense d'ailleurs la conserver pour son prochain film, "Les Taulardes".
Selon la réalisatrice, les deux protagonistes du film sont Nathalie et la douleur qu'elle subit après son viol. Estrougo choisit alors de tourner en 4/3 (format carré), cadre de plus en plus rare au cinéma, justement pour se concentrer sur ses personnages principaux, dont un seul apparaît véritablement à l'écran. Le choix est purement discursif et non esthétique, rendant même le directeur de la photographie habituel de la réalisatrice, Guillaume Schiffman, sceptique quant à son utilisation, d'autant plus qu'il n'avait que deux projecteurs à sa disposition pour créer toute une ambiance. Il accepta malgré tout, à la surprise d'Estrougo, de travailler sur Une histoire banale.
Avec Une histoire banale, Audrey Estrougo touche encore une fois à un sujet difficile : le viol. Sa filmographie se caractérise notamment par des scénarios qui bousculent le spectateur et qui prennent pour centre une dénonciation. Dès son premier film Regarde-moi (2007), la réalisatrice veut faire bouger les choses. Une histoire banale lui sert à "filmer le mal invisible qui ronge et qui détruit, donner une caisse de résonance à toutes ces fractures sourdes".
Audrey Estrougo réalise son film du point de vue féminin, en essayant de ne pas passer par le regard de l'homme, chose difficile au cinéma selon la réalisatrice. Elle choisit de parler du viol pour parler de la femme et pour dénoncer ce crime, encore trop souvent tabou dans la société. "Et comme je n’ai pas envie de me taire sur ce sujet, je dis que ça m’emmerde, je dénonce, à ma façon".
Le film que voulait à l'origine réaliser Audrey Estrougo et qui fut refusé se nommait "Les Taulardes". Bien que passé à la trappe au profit d'Une histoire banale, le film devrait être la prochaine réalisation de la cinéaste. Les deux films se retrouvent néanmoins sur un point : ils s'attachent à des sujets tabous considérés comme invendables par les distributeurs.