Les scénaristes de Mary, Queen of Scots se sont inspirés de la biographie de Marie Stuart écrite par Stefan Zweig et publiée en 1935. Ils expliquent : "Marie Stuart fait partie de ces femmes dont la réelle capacité de vie est limitée à un laps de temps très court, qui ne vivent pas pleinement leur existence tout au long de la vie, mais dans l’espace étroit et brûlant d’une passion unique."
A l'origine, Thomas Imbach n'était pas certain de faire un film d'époque, mais la personnalité de Mary l'inspira à se lancer dans l'aventure : "J’ai joué avec diverses possibilités ; une Mary africaine, un personnage à la "Paris Hilton" moderne, etc. Jusqu’à ce que je décide de rester dans l’époque où l’histoire se situe."
Thomas Imbach constate que le genre historique a peu évolué au cours des trentes dernières années. C'est dans cette optique que ses références filmiques du genre ont été Andreï Roublev de Tarkovski et Barry Lyndon de Kubrick. Rien que ça...
La vie de Mary Stuart étant riche en rebondissements, les scénaristes ont dû choisir quels instants et quels moments précis de son vécu ils allaient exploiter sur grand écran. Ils ont finalement privilégié sa jeunesse française, pour montrer dans quel environnement elle avait grandi, puis les deux années les plus dramatiques de sa vie : celle où elle tombe amoureuse de Darnley et celle de son mariage avec Bothwell.
Le tournage s'est effectué de Londres à Glasgow et Dublin, pour se poursuivre avec une escale sur le Lac Léman au château de Chillon. Puis en Suisse, avec des décors extérieurs qui se situaient autour de Romainmötier et de St Ursanne, sans oublier le plus ancien monastère clunisien de Suisse, la maison du Prieuré, qui a également servi à la production. Concernant la France, la Loire et le château d'Anet furent une évidence pour l'équipe puisque Mary Stuart y a vécu son enfance.
Le film a été présenté au 27ème Festival de AFI Fest de Los Angeles, au 66ème festival de Locarno en séléction officielle et a été nominé dans la catégorie Meilleur Film au Prix du cinéma de l'académie suisse.