Les deux premiers longs-métrages de Jean-Baptiste Andrea, Dead End et Big Nothing, ont été tournés aux USA. C’est la première fois qu’il réalise un film en France : "Personnellement, mon imaginaire est tellement imprégné de culture anglo-saxonne que je ne voyais pas quoi raconter d’original en France". Son coscénariste Gaël Malry lui a alors proposé une dizaine d’idées à développer, dont celle de La Confrérie des larmes : "L’une de ces histoires m’a paru suffisamment étrange pour que je m’y arrête. Il était question d’un objet banal, du quotidien, vendu aux enchères à des prix mirobolants. On est partis de ce paradoxe pour créer la trame d’un vrai thriller. De cet objet dont je ne peux révéler l’identité est venu le titre (...) J’aime son côté énigmatique et poétique qui permet le fantasme. Il fallait être capable d’intriguer sur la seule promesse d’un titre et d’une histoire volontairement barrée. La Confrérie des larmes est avant tout un film sur la folie. Il ne s’inscrit pas dans un genre précis. Le dénouement par exemple, n’avait pas vocation à être trop rationalisé mais devait suggérer tout un éventail d’émotions. L’intrigue touche à plein de mythes sans que je n’aie eu besoin de mettre un nom dessus", précise le réalisateur.
A la base, le réalisateur souhaitait que le personnage de Gabriel soit plus vieux et plus imposant. Mais en allant voir Cloclo au cinéma, il fut sidéré par la performance de Jérémie Renier : "J’ai eu un vrai choc ! Ce côté physique m’a bluffé". Il a alors aussitôt appelé les producteurs pour adapter le scénario au comédien. Ce dernier a dû faire énormément de sport pour développer une affinité physique avec le personnage qu’il incarne : "Au début du film, Gabriel est un animal blessé donc dangereux, antipathique, dur… Au fur et à mesure, il va gagner en grâce. Jérémie s’est transformé lui-aussi pour le rôle. Il a fait beaucoup de sport. Au début du tournage, c’était une masse de muscles ! Dans les premières séquences, il dégage une puissance évidente. Ce côté physique permet ce genre de transformations et empêche de le catégoriser. À l’écran, Jérémie pourrait avoir 20, 30 ou 40 ans. On y croit", confie le cinéaste.
C’est en regardant le dessin animé Zarafa que le metteur en scène/scénariste Jean-Baptiste Andrea a découvert le compositeur Laurent Perez Del Mar. Il a profondément adoré son œuvre et souhaitait travailler avec un musicien capable de composer une véritable partition : "Sa musique donne au film un souffle épique. Presque hollywoodien !"
Etant donné que Jean-Baptiste Andrea vit en Angleterre, il ne connaissait pas du tout la très à la mode actrice française Audrey Fleurot, interprétant ici une policière travaillant au service des archives : "J’aime les femmes qui ont du répondant, du caractère… Audrey est comme Claire, son personnage, sûre d’elle-même, elle dit ce qu’elle pense. Si elle n’a rien d’une midinette, elle est quand même ultra féminine. Claire devait pouvoir tenir tête à Gabriel. C’est la première personne qui lui dit : "Arrête tes conneries !" Vivant en Angleterre, je ne connaissais pas le travail d’Audrey. C’est ma directrice de casting qui m’a conseillé de la rencontrer. J’ai tout de suite été sous le charme de sa joie de vivre, sa bonne humeur. De plus, sa rousseur apportait au personnage quelque chose de peu conventionnel."
Selon le comédien Jérémie Renier, on retrouve dans La Confrérie des larmes un important mélange de films. L’appât de l’argent facile de Pretty Woman, le passé flou de Taken, l’ambiance de Caché, la transformation fulgurante du personnage de Limitless, le rapport père/fille très direct de Kick-Ass et les traits de caractère de James bond.
Le personnage d’un ancien flic "à la ramasse" hanté par ses démons est assez récurent au cinéma. Le piège ici aurait été de se contenter de stéréotypes. C’est justement une des raisons pour laquelle Jean-Baptiste Andrea a choisi de confier le rôle de Gabriel à Jérémie Renier : "J’avais peur de tomber dans le cliché. Jean-Baptiste m’a tout de suite rassuré : 'C’est justement pour cela que je te veux dans le rôle. Tu n’as jamais incarné ce genre de personnage, je suis certain que tu sauras l’emmener ailleurs !'", précise le comédien.
Si la majorité de l’action de La Confrérie des larmes se déroule à Paris, à part la tour Eiffel, on reconnaît à peine la capitale. Ce choix est un parti pris du réalisateur, pour que le spectateur se sente comme le héros, c’est à dire perdu : "Je ne voulais surtout pas filmer Paris comme un musée ! (…) Je montre une ville assez crade, presque anonyme. Paris ressemble ici à n’importe quelle mégalopole. (…) L’univers urbain devait rester hostile, car il est perçu comme tel par Gabriel. Tout l’univers visuel du film est une projection de son mental."
La caméra est en quasi-permanence pointée sur Gabriel. Pour intensifier cet effet de hors-champ, le metteur en scène a opté pour un format 1.85 contre un format 2.35, c’est-à-dire une image moins haute : "Plus vous êtes collé à votre personnage, moins vous voyez ce qu’il y autour. C’est effectivement très angoissant."