Bien que le nord du Maroc soit connu pour le trafic de haschisch, le réalisateur Nadir Moknèche a choisi une intrigue autour du trafic de pièces archéologiques, davantage en rapport avec les problématiques liées à la religion en Afrique du Nord.
Lorsque la comédienne Lubna Azabal et le réalisateur Nadir Moknèche se sont revus, plusieurs années après leur première rencontre, le personnage de Dounia n'était pas encore tout à fait abouti. Le cinéaste confie que c'est lors de cette entrevue qu'il a été inspiré par le côté femme fatale qu'il a décelé chez elle ce jour-là, lui rappelant le personnage de Katie dans Les Griffes du passé de Jacques Tourneur.
Nadir Moknèche a choisi pour son film une narration non linéaire. Il s'en explique : "[Ma] préoccupation était de traiter de sujets complexes (...) sans mettre les personnages au service d’une analyse ou d’une cause. La construction non chronologique me paraissait être un outil efficace, et qui permet de tenir le spectateur en haleine."
L'un des sujets complexes dont traite le film est le mariage inter-religieux. En effet, si un homme musulman a le droit d'épouser une femme non-musulmane, l'inverse n'est pas possible. Les enfants nés de ce type d'union, en France par exemple, ne sont pas reconnus dans leur pays d'origine. Le réalisateur explique que le choix d'un amant serbe dans Goodbye Morocco permet d'ôter tout soupçon envers Dounia d'une union par intérêt.
Le personnage de femme forte qu'incarne Lubna Azabal est emblématique du combat pour l'émancipation, auquel le cinéaste est très attaché. Il explique qu'en cela, le choix de son nom n'est pas anodin : "Dounia veut dire « La vie ici-bas », et Abdallah « Le serviteur (esclave) de Dieu ». Elle va refuser d'obéir à sa loi."
Nadir Moknèche commente l'homosexualité du personnage de Fersen, qu'interprète Grégory Gadebois dans le film : "Le tourisme sexuel au Maroc, et en particulier celui des gays européens, est un secret de polichinelle. Je ne pouvais pas filmer Tanger sans le montrer."
Lubna Azabal, qui tient le premier rôle de Goodbye Morocco, retrouve Nadir Moknèche, huit ans après Viva Laldjérie.
Nadir Moknèche est habitué à créer des personnages de femmes fortes : "Je ne peux pas écrire un personnage de femme arabe autrement. On voit bien (comme en Tunisie aujourd’hui) que le statut de la femme est constamment remis en question. C’est l’obsession perpétuelle des sociétés musulmanes."
Le site de Tanger représentait un cadre idéal pour l'histoire de Goodbye Morocco, comme le fait comprendre son réalisateur Nadir Moknèche : "l’entre-deux, la frontière, la porte de l’Europe, le passé pré-islamique..."
Goodbye Morocco est le quatrième long métrage de Nadir Moknèche, après Le Harem de Madame Osmane (2000), Viva Laldjérie (2004) et Délice Paloma (2007).
Le cinéaste confie qu'il est interdit de tournage en Algérie, c'est pourquoi il a tourné son film au Maroc. Il n'est plus retourné à Alger depuis août 2006.
De nombreux hommes, dans le monde arabe, sont, comme le personnage d'Ali (interprété par Faouzi Bensaïdi), solitaires, et vivent sans famille dans des hôtels miteux ou des hammams.