Le réalisateur Daniele Incalcaterra a hérité de son père, une terre de plus 5 000 hectares au Paraguay. Il confie d'où lui est venue l'idée d'un nouveau film : "C’est Fausta qui a eu la très belle idée de me dire "La seule chose que tu peux faire avec ta terre c’est de la rendre à son peuple originaire" et c’était les Guarani-Ñandeva qui vivent dans cette région du Chaco. Voilà, après ça, j’ai proposé l’idée à mon frère qui a approuvé et j’ai dit : "On fait un film c’est la seule chose qu’on sait faire, on fait un film de ça". C’est comme ça que le film a démarré."
Ensemble à la ville, les co-réalisateurs Daniele Incalcaterra et Fausta Quattrini signent avec El Impenetrable leur deuxième collaboration. Celui-ci est n'est pas à proprement parler une suite, mais se situe dans la continuité logique des thèmes qu'ils aiment aborder. Leur premier film avait pour sujet les Indiens Mapuche en Argentine qui devaient faire face aux mêmes problèmes de territoires. C'est donc une nouvelle exploration de ces terres au climat rude et de ces peuples qui se retrouvent astreints à un mode de vie "colonisé".
Le Paraguay, pays au coeur de l'intrigue du film offre des paysages et des problématiques dignes des plus grands westerns. L'action se situe dans la partie ouest du chaco paraguayen dans un climat aride et parfois désertique. Si le film reste un documentaire, les éléments présents et les enjeux sociaux et monétaires lui donnent une tonalité de western moderne, où tout se paye et où chaque décision, chaque action peut s'avérer dangereuse.
Le réalisateur Daniele Incalcaterra confie que son documentaire lui fait se remémorer deux films : Pour une poignée de dollars de Sergio Leone car "c’est ce que mon père a payé pour cette terre" ; et La Conquête de l'Ouest de John Ford, Henry Hathaway et George Marshall, en référence à cette ambiance de western présente dans le film.
L'ensemble du film a été tourné "sur le vif". Rien n'a été scénarisé d'avance, ce sont les évènements qui ont été le moteur du tournage. Daniele Incalcaterra raconte : "Les intrigues sont étudiées avec Fausta, après le tournage : on se dit "Ok on est arrivé à ce résultat-là, qu’est-ce qu’on va faire maintenant ?". S’il y a un problème de titre de propriété, il faut savoir qui est l’autre propriétaire, comment on va faire ça… Le film est tourné à vif, en direct, et je suis l’étranger qui débarque et qui ne sait rien. Mais c’est la vérité, je ne savais rien, je savais des choses mais pas tout le bordel qu’il y avait derrière. Aujourd’hui c’est différent, je dirais que je suis toujours l’étranger mais je suis l’étranger "persona non grata"".
La forêt du Chaco s'étend sur 1 300 000 km². En quatre années ce sont 10% de la forêt qui ont disparu soit environ un million d'hectares. C'est la seconde plus grande forêt vierge d'Amérique du Sud et elle représente 60% du territoire paraguayen avec seulement 2% de densité de population. Enfin, ce sont environ 10 km² de forêt qui sont chaque jour détruits par l'Homme et sa politique de déforestation.