Les Bêtes du sud sauvage est adapté d'une pièce écrite par Lucy Alibar, "Juicy and Delicious". Le réalisateur du film, Benh Zeitlin, est d'ailleurs un ami de la dramaturge. Il a toujours souhaité écrire un court métrage à partir de l'une de ses pièces. Ce projet a finalement donné naissance à un long métrage, co-scénarisé par Lucy Alibar elle-même.
Benh Zeitlin a tenu à tourner Les Bêtes du sud sauvage en Louisiane du Sud, région qu'il connaît bien et qu'il apprécie particulièrement : "J’y suis venu pour une visite qui devait durer deux mois. C’était il y a six ans, et je n’ai toujours pas l’intention de repartir. C’est ici que se trouve le berceau d’une espèce en voie de disparition : celle des gens les plus opiniâtres que je connaisse en Amérique."
Plus de 4 000 petites filles ont passé le casting pour obtenir le rôle de Hushpuppy.
Les deux acteurs principaux du film ont été choisis de manière originale : Dwight Henry travaillait dans une boulangerie qui se trouvait à côté des bureaux de la production et Quvenzhané Wallis était inscrite à l'école primaire du quartier. Ils n'avaient jamais joué auparavant.
Le tournage a débuté le 20 avril 2010, le jour où la plateforme BP a explosé, causant une énorme marée noire. L'incident a eu lieu à une centaine de kilomètres au sud-est de l'endroit où Les Bêtes du sud sauvage a été tourné.
Même si certains éléments fantastiques apparaissent dans le film, le cinéaste n'envisage pas cette histoire comme un véritable conte de fées : "Si des moments paraissent fantastiques, c’est que Les Bêtes du sud sauvage est envisagé à travers le regard d’une petite fille de 6 ans, qui perçoit une réalité sans barrières, et je voulais respecter sa vision de la réalité en ne dissociant pas ce qui était réel du fantasme", explique Benh Zeitlin.
La région où vivent les personnages du film, le "bathub", a été créé de toutes pièces en regroupant les différentes spécialités culturelles du sud de la Louisiane.
Les Bêtes du sud sauvage a été présenté à de nombreux festivals, dont celui de Sundance où il remporté le Grand Prix du Jury, ainsi que le Prix de la Meilleure photographie pour Ben Richardson. Benh Zeitlin est aussi passé par la sélection "Un Certain Regard" du Festival de Cannes et en est reparti avec la Caméra d'or, qui récompense les premiers films, ainsi qu'avec le prix Regard Jeune, le prix FIPRESCI et celui du Jury œcuménique.
Les Bêtes du sud sauvage est le premier long métrage de Benh Zeitlin. Ce natif du Queens (New York) n'avait jusqu'à présent réalisé que des courts métrages (Egg, The Origins of Electricity et Glory at Sea).
Aux Etats-Unis, Les Bêtes du sud sauvage a déjà conquis de nombreux spectateurs, dont Barack Obama qui a conseillé le film à toute son équipe.