Baikonur est le premier film de fiction ayant eu l'opportunité de pouvoir tourner sur le site de lancement spatial de Baïkonour au Kazakhstan, qui a notamment lancé le premier satellite Spoutnik en 1957.
Le personnage principal d'Iskander - interprété par Alexander Asochakov - est surnommé Gagarin en référence à Yuri Gagarin, qui fut le premier homme à voyager dans l'espace en 1961. Son voyage partait justement de la station spatiale de Baïkonour au Kazakhstan où se situe la trame de Baikonur.
Marie De Villepin, fille du politique Dominique De Villepin, joue, dans Baikonur, son premier grand rôle au cinéma. Elle avait déjà joué un second rôle dans La Bûche (1999) de Danièle Thompson avant de se consacrer au mannequinat.
Dans Baikonur, Alexander Asochakov joue son premier rôle majeur au cinéma. Venant d'une école d'art dramatique à Saint-Pétersbourg, il a cependant joué de nombreux rôles sur les planches avant de se diriger vers les salles obscures.
Baikonur est le quatrième long métrage du réalisateur Veit Helmer. L'Allemand a réalisé son premier film, Tuvalu, en 1999. Il met en scène Gate to Heaven et Absurdistan respectivement en 2003 et en 2007. Parmi ses films, seul Tuvalu a connu une exploitation en salles françaises. Baikonur fait donc revenir le réalisateur sur le devant de la scène cinématographique hexagonale.
Baikonur met en scène une réelle "loi" kazakhe officieuse qui stipule que celui qui trouve un débris de lancement des navettes spatiales de Baïkonour dans le désert en devient le propriétaire. La population locale revend alors les débris récupérés.