I Wish nos vœux secrets a beau être un film très conjoncturel, avec l'arrivée d'une nouvelle ligne du Shinkansen (TGV japonais), le film porte en lui beaucoup de souvenirs personnels du réalisateur Hirokazu Kore-Eda, comme il en témoigne : "La première fois où je suis allé à Kagoshima [l'une des villes du film] avec ce volcan terrifiant, j’avais 20 ans, et je me demandais comment font les gens pour vivre à côté de ça. C’était aussi la première fois que j’ai goûté ce gâteau [le karukan] qui n’a pas vraiment de goût. Tous ces souvenirs personnels se sont retrouvés dans I Wish nos vœux secrets."
Le tournage du film se déroula en octobre et novembre 2010 sur l'île japonaise de Kyushu, et le long-métrage sortit le 11 juin 2011 dans son pays.
I Wish nos vœux secrets a été sélectionné au Festival International du Film de Toronto et de Pusan, ainsi qu'au Festival de San Sebastian 2011. Il apparut également au Festival du Film Asiatique de Deauville et fit l'ouverture de celui de Vesoul.
Koichi et Ryunosuke, les deux frères du film, sont également frères dans la vie ! Ils sont joués par le duo d'acteurs professionnels Koki et Ohshirô Maeda. Après les avoir vus aussi à l'aise en audition, Hirokazu Kore-Eda décida de revoir son scénario, et inventa cette histoire de frères séparés par le divorce de leurs parents.
La première référence qui vint à l'esprit de Hirokazu Kore-Eda pour son film était une scène de Stand by Me, de Rob Reiner, où des enfants marchaient le long d'une ligne de chemin de fer. Mais après avoir écrit une première mouture du scénario, il se rendit compte que les rails du Shinkansen étaient en hauteur, et qu'il était impossible de les voir autrement que de haut, ou de très loin. Cette petite contrariété modifia considérablement l'intrigue.
Non seulement le réalisateur Hirokazu Kore-Eda est passionné par les chemins de fer depuis son enfance, mais son arrière grand-père était également originaire de Kagoshima (la ville près du volcan Sakurajima, où réside Koichi dans le film). Une double raison qui l'a poussé à faire I Wish nos vœux secrets.
L'idée d'I Wish nos vœux secrets est venue à Hirokazu Kore-Eda lorsque la nouvelle ligne du Shinkansen (le TGV japonais) fut lancée sur l'île de Kyushu. Sans vouloir promouvoir le Shinkansen, ni l'île de Kyushu, l'événement lui semblait être un bon point central pour raconter une histoire qui puisse toucher et émouvoir tout le monde.
Après avoir filmé des enfants dans ses films Nobody knows et Still Walking, Hirokazu Kore-Eda explique la fascination qu'il a à filmer les enfants et leurs aventures : "J'aime la façon dont ils sont incomplets et leur présence est instable. Filmer des enfants me fait vraiment réfléchir. Peut-être est-ce parce que je suis père maintenant, mais tous les adultes dans I Wish nos voeux secrets sont des adultes auxquels je souhaite ressembler, je veux être un adulte qui attend ses enfants au retour de leurs aventures, sans en faire toute une histoire."
Le titre original du film, Kiseki, signifie "miracle" en japonais. Un titre qui est venu naturellement au réalisateur Hirokazu Kore-Eda lorsqu'il a fallu raconter cette histoire. D'après lui, les enfants, leur façon de vivre et d'entreprendre leur voyage, tout cela tenait vraiment du miracle.