Anémone et Richard Bohringer se retrouvent sur le tournage des Amours secrètes après La Maison (1970) et Les Babas cool (1981).
Les Amours secrètes est le premier long-métrage du réalisateur Franck Phelizon. Il débute sa carrière en tant qu'acteur en 1988 dans L' Orchestre rouge de Jacques Rouffio. Il tourne la même année dans Itinéraire d'un enfant gâté de Claude Lelouch puis dans 19h Condorcet de Michel Soutter en 1990 et enfin dans J'embrasse pas d'André Téchiné en 1991. Franck Phelizon passe ensuite à la réalisation avec The Final Cut en 2003, un moyen métrage présenté au Festival de Cannes. En 2006-2007, il réalise une série de huit courts métrages, intitulée Presque parfait avant de passer à la réalisation de son premier long.
L'histoire de Louise et Hans dépeinte dans le film, est inspirée d'une histoire vraie.
Le réalisateur a tenu à sortir des sentiers battus et à rendre hommage à des héros de l'ombre mais aussi à faire fi de certains clichés avec des personnages qui refusent de suivre ce qu'on leur ordonne: "J'ai voulu rendre hommage à des héroïnes méconnues: ces chanteuses de cabaret, Huguette, qui, sous l'occupation, profitaient de leurs relations avec les allemands pour aider les juifs. Par le regard de Louise, je voulais aussi montrer qu'on ne peut pas réduire l'individu à son uniforme: même parmi les rangs Waffen SS, il y a des hommes avec leur conscience, comme le personnage de Hans que je voulais timide, réservé, presque maladroit et sortant du cliché du soldat SS. Hans a été enrôlé dans l'armée pour de mauvaises raisons, lui aussi met sa vie en jeu pour venir en aide aux juifs; d'autant plus qu'il s'est épris de Louise/ Sarah, cette jeune femme contrainte de cacher ses origines pour survivre. Le fil conducteur, celui qui ne ment pas, c'est l'amour. Ce sentiment persistant, même aux heures les plus sombres, n'a de cesse de prouver que la vie continue. Dans la maison d'Huguette, véritable forteresse au milieu d'une campagne déserte, l'amour fleurit sous toutes ses formes. Mon film parle de mélange des sentiments, dans une période où tout est dangereux et plus intense. "