La chanson du générique de fin du film a été ajoutée par le réalisateur a posteriori, plusieurs semaines après la projection du film au Festival de Berlin. Les paroles de cette chanson (reprise à plusieurs reprises par divers artistes) expriment le désespoir d'une petite fille morte lors des bombardements d'Hiroshima. D'autre part, le tableau abstrait qui apparaît en fond lors du générique, représente la bombe atomique.
La position de Koji Wakamatsu par rapport à la guerre a évolué au cours de sa carrière. En effet, le réalisateur pensait "pouvoir changer le monde au travers de ces guerillas". Il a réalisé il y a peu, que seul le pouvoir de l'esprit humain pouvait réellement aboutir à un vrai changement. Le Soldat dieu, qui dénonce toute forme de guerre, témoigne de son évolution sur le sujet.
Selon le mode de fonctionnement de Wakamatsu Production, le film a été tourné avec un budget limité. Le tournage a été bouclé en 12 jours, au lieu des deux semaines prévues initialement.
Le réalisateur a décidé d'engager Shima Ohnishi sur son film dés le début. Il voulait un acteur particulièrement expressif pour jouer ce personnage infirme. Shinobu Terajima, quand à elle, était son actrice préférée. Il mit un certain temps avant d'oser lui proposer le rôle.
Pour le personnage joué par Katsuyuki Shinohara, le réalisateur s'est inspiré de lui-même, le personnage de Kuma allant, comme le cinéaste, à contre-courant de la pensée générale. De manière générale, Koji Wakamatsu confie à propos de son oeuvre : "Mes films naissent dans ma tête, ou toutes sortes de choses sont entassées. Il y a moi même, mes amis, mon pays, ma mère et mon père, ceux que j’ai observé alors que je grandissais…"
Le tournage du film s'est déroulé au nord-ouest de Tokyo, dans une région rurale très traditionnelle, qui est restée la même depuis cinquante ans, avec ses maisons en bois et ses rizières. Le réalisateur dit avoir choisi cet endroit pour sa beauté esthétique ainsi que pour sa signification historique, et également parce qu'il a grandi dans un tel environnement.
Koji Wakamatsu a dit s'être inspiré du thème abordé dans le roman Caterpillar de Edogawa Rampo, bien que l'époque et le reste de l'histoire soient différents. Cet ouvrage raconte en effet l'histoire d'un vétéran tétraplégique qui rentre de la Seconde Guerre Mondiale.
L'idée de faire ce film est venue au réalisateur Koji Wakamatsu sur le tournage de son précédent long métrage, United Red Army. "Je sentais que pour mieux comprendre les jeunes des années 60-70, il me fallait d’abord décrire l’époque de leurs parents lors de la guerre dans le Pacifique", confie-t-il.
Le Soldat Dieu a fait partie des films en compétition officielle du festival du Film de Berlin de 2010, où Shinobu Terajima a remporté l'Ours d'Argent de la meilleure actrice.