La pré-production de La Marque du tueur est stoppée à quelques jours du début des prises de vue. Un différent oppose la Nikkatsu au réalisateur initialement prévu, qui est incapable de rendre un scénario satisfaisant. De nouveaux scénaristes sont embauchés, dont Seijun Suzuki, qui s'approprie totalement le projet et en devient le nouveau metteur en scène. Soumis à un budget très serré, il finit de réécrire le scénario la veille du début du tournage et improvise de nombreuses scènes sur le plateau, délaissant la narration pour se concentrer sur l'aspect formel.
Au générique est crédité parmi les scénaristes un certain Hachiro Guryu. Il s'agit en réalité d'un pseudonyme regroupant Seijun Suzuki, Atsushi Yamatoya, Chusei Soné, Mitsutoshi Ishigami et Takeo Kimura. La Nikkatsu a fait appel à ce collectif pour remanier la première mouture du scénario.
La Marque du tueur marque la fin de la collaboration entre la Nikkatsu qui produit le film et le réalisateur Seijun Suzuki. Ce dernier se fait remarquer pour ses oeuvres anarchistes et amorales, dont la déviance est souvent pointée du doigt. La Nikkatsu trouve que Suzuki leur fait une mauvaise publicité en plus d'amener peu de spectateurs en salles. Le studio utilise La Marque du tueur pour renvoyer Suzuki : il estime une fois le film achevé que celui-ci est incompréhensible et invendable (on totalise quelques centaines d'entrées en salles seulement à sa sortie). Si des critiques, des réalisateurs et des spectateurs affichent alors leur soutien au cinéaste et contestent ce licenciement, le mal est fait : sa carrière ne s'en remettra pas. Aucun des cinq grands studios japonais n'accepte de l'employer. Malgré le procès qu'il remporte contre la Nikkatsu en 1971, il lui faudra attendre 1977 pour faire son retour sur grand écran et débuter une seconde carrière très discrète dans le cinéma indépendant.