Dans les profondeurs marines, Pop et ses amis sont comme des poissons dans l’eau, jusqu’au jour où de vilains pêcheurs volent des œufs sur le récif. Pop est alors prêt à tout pour sauver ses petits frères... même à partir sur la terre ferme !
Nemo, un jeune poisson-clown, s'égare de son récif de corail et se perd dans le vaste océan. Son père Marin part à sa recherche et affronte divers dangers pour le retrouver.