Brendan et le secret de Kells renvoie au livre de Kells écrit aux environs de l'année 800 après JC. Rédigé à la main par des moines, il contient les quatre évangiles du Nouveau testament ornés de magnifiques enluminures. : "Il a inspiré maints artistes, explique le réalisateur Tomm Moore, et on ne compte plus les motifs du livre repris dans les objets les plus courants de la vie irlandaise, depuis les pièces de monnaie jusqu'aux blasons officiels, en passant par les souvenirs pour touristes et l'artisanat. Son iconographie est le produit d'influences du monde entier, certaines venues d'aussi loin que l'Afrique. Les encres étaient fabriquées à partir de matériaux rares et précieux, rapportés de contrées reculées comme l'Asie Mineure. C'était le temps où l'Irlande était connue comme "L'Ile des Saints et des savants"". Le livre est aujourd'hui conservé au Trinity College de Dublin.
Comme le livre de Kells, l'abbaye de Kells où vit Brendan existe véritablement. Elle est située en Irlande dans le comté de Westmeath. Fondée au IX e siècle, elle a subit plusieurs assauts vikings.
Brendan et le secret de Kells est le tout premier long-métrage de Tomm Moore. Il s'était auparavant distingué grâce à plusieurs courts métrages comme Couch Potato ou Dress Rehearsal qui lui valu le prix UIP du meilleur réalisateur en 2001.
Le réalisateur revient sur ce qui l'a poussé à faire le film : "Notre film traite du thème universel du passage de l'enfance à l'âge adulte. Comment trouver sa place et son rôle dans le monde ? Comment réagir aux attentes de ses parents ? Il aborde également des thèmes plus larges : l'art, l'importance de la spiritualité, la symbolique des rêves et le rôle qu'ils jouent dans notre vie. C'est le premier film d'animation sur l'Irlande de cette époque. Notre intention est véritablement de plonger le spectateur dans la culture irlandaise."
Tomm Moore a souhaité montrer qu'il y avait un lien entre les enlumineurs des livres de l'époque et le long travail nécessaire à la réalisation d'un film d'animation : "Les vicissitudes que rencontrent les enlumineurs ne sont pas éloignées de ce que peut vivre aujourd'hui un animateur qui met toute son énergie à créer une oeuvre originale dans un monde parfois indifférent, voire hostile.Mon ambition est de faire vibrer l'imagination du public en montrant toute la beauté d'un objet né d'une main créatrice, à la fois à travers l'histoire d'artisans qui comptent parmi les plus remarquables de tous les temps et grâce à l'objet qu'est le film achevé, projeté sur l'écran, fruit du travail d'une équipe d'artistes."
Bien que l'histoire de Brendan et le secret de Kells se déroule en Irlande, c'est avant tout un véritable film européen. Produit entre autre par le Français Didier Brunner (Les Triplettes de Belleville, Kirikou et les bêtes sauvages), il a été réalisé en Irlande (Kilkenny), en France (Paris), en Belgique (Bruxelles) et en Hongrie (Budapest).
Le musique du film a été composée par un certain Bruno Coulais, récompensé par le César de la meilleure musique pour Les Choristes.
Les premières ébauches de Brendan et le secret de Kells furent réalisées avant 2001.