Pour son adaptation, Kenneth Branagh a transposé La Flûte enchantée dans le contexte de la Première Guerre mondiale. Il explique ce choix : " La thématique du conflit est au coeur de La Flûte enchantée. Il s'agit de l'opposition entre lumière et ténèbres, haine et amour, et, dans le cas du film, guerre et paix. En reconstituant le cadre visuel de la Première Guerre mondiale, j'ai voulu donner de l'ampleur aux actes de Sarastro et et de la Reine de la Nuit".
A l'origine, La Flûte enchantée était un spectale d'art lyrique uniquement crée pour le Theater auf der Wieden, situé dans les faubourgs de Vienne. Emanuel Schikaneder comédien et directeur de théâtre voulait une oeuvre populaire qui puisse dévoiler toutes les richesses du théâtre. Il écrit un livret du spectacle de La Flûte enchantée qui fût ensuite modifié par Wolfang Amadeus Mozart. La Flûte enchantée de Wolfang Amadeus Mozart était considérée à l'époque et encore aujourd'hui comme une oeuvre inventive et originale à mi-chemin entre le divertissement populaire et le spectacle raffiné réservé à la cour.
Kenneth Branagh est un habitué des adaptations puisqu'il a déjà transposé sur grand écran 4 pièces de William Shakespeare : Henry V, Beaucoup de bruit pour rien, Hamlet et Peines d'amour perdues. Pour La Flûte enchantée, la difficulté était de transposer une oeuvre majeure dans une autre forme artistique sans édulcorer le génie auquel le réalisateur cherche à rendre hommage: "Ce qui compte surtout pour moi, quels que soient le décor ou la mise en scène, c'est la vraisemblance de l'interprétation et peu importe les exigences techniques imposées par la matière dramatique. "
Stephen Fry, le réalisateur de Moi, Peter Sellers et de la comédie Un poisson nommé Wanda, a travaillé en tant qu'adaptateur sur le film. Kenneth Branagh explique : " J'ai remis à Stephen un scénario de 120 pages, en détaillant autant que possible les décors de chaque scène, la description des personnages tels que je les envisageais, et mes différentes approches des questions que soulèvent Mozart et Schikaneder dans l'intrigue. Il s'est alors servi d'une traduction littérale du livret d'origine, et nous avons cherché à y injecter la langue parlée à l'époque où se situe l'action : 1916. Nous avons un peu modernisé certains dialogues, et supprimé certaines scènes. On voulait qu'il y ait à la fois de l'humour et de l'émotion, ce qui correspondbien à l'état d'esprit de Stephen. Il a écrit une première ébauche formidable du livret... "
Un formidable orchestre de talents s'est mis au service de La Flûte enchantée: le projet a été commandé par la Fondation Peter Moore qui cherche depuis 1964 à élargir son public et a fait appel à Kenneth Branagh, déjà spécialiste d'adaptations au cinéma, sur un scénario réactualisé du libretto original d'Emanuel Schikaneder, produit par Idéal Audience (Madame Butterfly de Frédéric Mitterrand). Toute la musique du film a été dirigée par James Conlon, grand chef d'orchestre reconnu qui a reçu la Légion d'Honneur de la part de Jacques Chirac en 2001.
Comme avec ses précédentes adaptations des célèbres pièces de Shakespeare, Kenneth Branagh a voulu apporter à l'oeuvre de Mozart le plus d'authenticité possible: "Ce qui compte surtout pour moi, quels que soient les décors et la mise en scène, c'est la vraisemblance de l'interprétation - et peu importe les exigences techniques imposées par la matière dramatique, qu'il s'agisse de Shakespeare, ou de Mozart".
Avec ce film, Kenneth Branagh a voulu parfaitement retranscrire toutes les émotions qu'on pouvait ressentir à l'opéra ainsi que tout le souffle épique et dramatique qui en émane: " Nous avons souhaité rendre compte de l'opéra dans toute sa diversité, en assumant la moindre variation de ton et de style, sans chercher à expliquer où à justifier de supposées contradictions. Il s'agit d'une oeuvre à mi-chemin entre conte de fée, drame, comédie, aventure et traité philosophique. Il semble que Mozart ait souhaité donner à la Flûte toutes ces dimensions".
La plupart des interprêtes sur La Flûte enchantée n'étaient pas des comédiens, mais des chanteurs de formation. Kenneth Branagh a donc du diriger ces chanteurs qui n'étaient pas forécement rôdés à la comédie: "La plupart d'entre eux n'avait jamais tourné de films, et je n'avais jamais moi-même travaillé sur un opéra. Nous étions tous des étrangers en terre étrangère... Ce type de situation rend à la fois vulnérable et enclin à écouter les autres et à apprendre. C'est ce que nous avons tous fait" commente le réalisateur.
Plusieurs évènements de l'opéra de Mozart ont subi des changements notables: le serpent qui mord Tamino au début devient le gaz moutarde qui était diffusé dans les tranchées, les Trois Dames sont des bonnes soeurs fantômatiques puis des infirmières, Papageno l'oiseleur, un gardien de canaris qui détectent le gaz, et la maléfique Reine de la Nuit débarque ici sur un char d'assaut. Tous ces changements symboliques cherchent à ouvrir le public du cinéma sur la magie de l'opéra.
La Flûte enchantee a déjà été adaptée au cinéma par Ingmar Bergman en 1974.