Kelvin
Dans Star Trek : le vaisseau U.S.S. Kelvin a été nommé en hommage au grand-père de J.J. Abrams, Henry Kelvin.
R2D2
Dans Star Trek : dans les débris de ce vaisseau spatial, la forme de l'astrodroïde R2-D2 peut être aperçue; un clin d'oeil d'autant plus amusant que J.J. Abrams a depuis réalisé deux volets d ela saga Star Wars : Le Réveil de la Force et L'Ascension de Skywalker.
Le beau-père de Kirk
Dans Star Trek : "Muse" du réalisateur J.J. Abrams, Greg Grunberg fait une apparition vocale dans le rôle du beau-père de James T. Kirk. Dans Star Trek Sans Limites, il incarne physiquement un rôle différent, celui d'un opérateur d'une base stellaire.
Kobayashi Maru
Dans Star Trek : à plusieurs reprises dans la série originale, l'épreuve du Kobayashi Maru passée par le capitaine Kirk a été mentionné. Bien que situé dans une dimension alternative, le film de J.J. Abrams nous dévoile enfin comme ce dernier a triché à l'examen réputé comme "impossible".
Alcatraz
Dans Star Trek Into Darkness : la destruction de la prison Alcatraz est sans doute un clin d'oeil adressé par J.J. Abrams à la série du même nom qu'il a produite, annulée dès sa première saison du fait de ses mauvaises audiences.
Tribule or not Tribule
Dans Star Trek Into Darkness : c'est par l'intermédiaire d'un Tribule, du nom de l'adorable boule de poil découverte dans la série originale, que le docteur McCoy découvre le moyen de ressusciter Kirk.
Couple Gay
Dans Star Trek Sans Limites : Sulu apparaît comme un homme gay, en hommage à l'interprète original du personnage George Takei, lui-même ouvertement homosexuel. Cette scène n'a toutefois pas été son goût, puisqu'il aurait préféré qu'un autre personnage que Sulu soit montré comme gay.
J-Law devient Jaylah
Le personnage de Jaylah a grandement été inspiré par l'héroïne incarnée par Jennifer Lawrence dans le film Winter's Bone; son nom renvoie par ailleurs au surnom de l'actrice, J-Law !
Jeff Bezos
Dans Star Trek Sans Limites : grand fan de Star Trek, le PDG d'Amazon Jeff Bezos tient dans ce film son tout premier - et à ce jour unique - rôle au cinéma !