Avec Lianne Halfon et Russell Smith, John Malkovich a créé l'année dernière Mr. Mudd, une société de production. Ses partenaires ont affirmé s'intéresser à "des histoires fortes, bien écrites, intelligentes et vaguement commerciales". L'équipe cherche plutôt des projets que Malkovich produirait ou réaliserait.
John est à l'affiche de Jeanne d'Arc de Luc Besson. Depuis il a tourné Dans la peau de John Malkovich, sous la direction de Spike Jonze (acteur dans Three Kings avec George Clooney). Pour ses premiers pas derrière la caméra, il a choisi d'adapter un roman du journaliste britannique Nicholas Shakespeare, The Dancer Upstairs. Le tournage a notamment eu lieu dans la capitale espagnole Madrid. En réalité, le film a pour toile de fond le Pérou et met en scène un homme d'affaires devenu policier qui traque le chef d'un groupe terroriste.
Ses deux autres réalisations incluent l'adaptation du roman de Gordon Lish, Dear Mr. Copote et Baby Doc, une satire qu'il a écrite avec Pierre Hodgson, scénariste de Sombre de Philippe Grandrieux.
Une quinzaine de productions est prévue dont Libertine, adaptation de la pièce de Stephen Jeffreys par lui-même, Kill the Poor, d'après le roman de Joel Rose qu'Alan Taylor (Les amateurs) doit réaliser, The Gold of Exodus écrit par John Sayles, réalisateur de Limbo et Lone Star.
De plus, Mr. Mudd a vendu à la chaîne de télévision CBS le pilote de Shampoo. La série s'inspire du roman de Douglas Coupland, Génération X. C.R.
