Tokyo, début des années 1940. Tetsuko, que tout le monde appelle Totto-Chan, est une petite fille pleine de vie qui mène la vie dure à son institutrice, qui finit par la renvoyer. Ses parents décident de l’inscrire à Tomoe, une école pas comme les autres où de vieux wagons font office de salles de classe. Son directeur y met l'accent sur l'indépendance et la créativité des enfants. Tandis que la Japon s'enfonce dans la guerre, Totto-Chan va découvrir que les petites expériences de la vie sont plus importantes que les leçons.
Le lion du Jingling Bros. Circus est un animal malade qui boit et fume. Une souris raconte les raisons de ce drame... Le lion était auparavant le roi des animaux de la jungle. Tous les autres animaux avaient peur de lui. Le zèbre en perdait ses rayures, le kangourou se réfugiait dans sa propre poche et le gorille géant devenait soudain ...
Quelque chose de gigantesque se profile à l’horizon. Hogarth Hugues vient tout juste de sauver un énorme robot tombé du ciel. Le jeune Hogarth a désormais un très grand ami et un problème encore plus grand : Comment garder secrète l’existence d’un géant de 15m, mangeur d’acier ?
Alors qu’il joue sur la plage, le petit Sosuke découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve et décide de la garder avec lui. Le petit garçon lui promet de la protéger et de s’occuper d’elle, mais le père de Ponyo, Fujimoto – un sorcier autrefois humain qui vit tout au fond de la mer – la force à revenir avec lui dans les profondeurs. Bien décidée à devenir humaine, Ponyo s’échappe pour retrouver Sosuke. Mais avant, elle répand l’élixir magique de Fujimoto dans l’océan qui va provoquer des vagues gigantesques et engloutir le village.
Ce soir, pour la toute première fois, un enfant part travailler avec son père et son grand-père. Dans une vieille barque, ils prennent la mer et rament loin, si loin que lorsqu’ils sont arrivés, la terre est hors de vue.
La classe 1-A visite l'île de Nabu où ils peuvent enfin faire un vrai travail de héros. L'endroit est si paisible que ça ressemble plus à des vacances… jusqu'à ce qu'ils soient attaqués par un super-vilain avec un alter insondable !
Trois petits cochons construisent respectivement des maisons de paille, de bois et de pierre. Le grand méchant loup détruit en soufflant les deux premières avant de se heurter à la solidité de la troisième. Il s'enfuira en courant après avoir tenté de s'introduire par la cheminée, car Naf-Naf avait tout prévu !
Pour se disculper, un chevalier accusé d'un terrible crime fait appel à Nimona, une adolescente métamorphe qui pourrait bien être le monstre qu'il a juré de détruire.