2138. "Yggdrasil", le plus célèbre MMORPG au monde est sur le point de fermer. Momonga, jeune geek, attend patiemment l’arrêt du jeu. Cependant, l’heure de fermeture passée, Momonga ne se déconnecte pas et constate que les personnages non jouables se retrouvent peu à peu dotés d’une conscience…
Yuu Otosaka est un adolescent capable de contrôler entièrement le corps d'une personne durant cinq secondes. Il utilise cette compétence pour rentrer dans un lycée prestigieux. Un jour, il est pris la main dans le sac. Lui et sa sœur Ayumi sont alors contraints d'être transférés dans un établissement pour des étudiants aux capacités surnaturelles.
Le monde est ravagé par une terrible maladie à laquelle seuls les enfants de moins de 13 ans ont survécu. Yûichirô Hyakuya et Mikael Hyakuya, deux orphelins, servent de « garde-manger » aux vampires qui ont envahi la Terre. Après une tentative d'évasion qui se solde par un massacre de ses amis, Yûichirô réussit à s'échapper.
À la frontière de l’Orient et de l’Occident se trouve le prospère royaume de Parse, tenu d’une main de fer par le redoutable roi Andragoras. Avec sa frêle carrure et son maniement approximatif des armes, difficile pour le jeune prince Arslân de revendiquer son statut d’héritier au trône.
Bell Cranel est le dernier descendant des membres de la famille protégée par l’impopulaire déesse Hestia. Malgré son physique peu avantageux, le jeune homme décide de partir à l’aventure dans le mystérieux Donjon de la cité-Labyrinthe d’Orario.