Deux agents du FBI sont affectés à Warehouse 13, un entrepôt centralisant tous les objets surnaturels que le gouvernement a collecté à travers les siècles. Leur mission : récupérer d'éventuels nouveaux artefacts susceptibles de mettre en danger des individus.
Après avoir perdu leur mère, Edward et Alphonse tentent de la ramener à la vie grâce à une transmutation humaine. Tabou de l'alchimie, Edward perd un bras et une jambe alors que son frère Alphonse perd son corps, en guise de punition. Après qu'Edward ait réussi à enfermer l'âme de son frère dans une armure, ils décident de partir à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettrait de regagner leurs corps.
Brett l'australien et Hannah l'irlandaise ont découvert un passage leur permettant de voyager à travers le monde. Leur découverte des cultures étrangères et de l'inconnu va bouleverser leur adolescence...