Une jeune adolescente introvertie et mal dans sa peau, Lain Iwakura, reçoit un courrier électronique de la part d'une de ses camarades de classe morte dans d'étranges circonstances. Dans ce message, la disparue lui apprend que seul son corps a cessé de vivre et que son esprit persiste dans le Wired, une évolution troublante d'Internet. La jeune Lain va alors s'immerger totalement dans ce monde parallèle jusqu'à s'y perdre totalement.