Rêveur, malin et courageux, le petit Yakari appartient à une tribu indienne, les Sioux. Comme tous les indiens, il vit en communion avec la nature au gré des saisons et des migrations des bisons. La nature est la Mère Nourricière et la Mère Sacrée que tout indien se doit de préserver et de vénérer. Cette capacité à vivre avec une grande intensité ses rêves lui permet ainsi de rencontrer son grand ami et animal totem, Grand Aigle, qui s'avère être son guide et protecteur. C'est ainsi qu'un jour, il reçoit de Grand Aigle une plume lui donnant la capacité de pouvoir communiquer avec les animaux. Avec son cheval Petit Tonnerre et sa charmante amie Arc-en-Ciel, il rencontrera les castors (Mille-Gueulle, Tilleul, Double-Dent), les élans (Fleur de Nénuphar et Boule de Bouleau) ou encore Bison Blanc... Animé d'un profond sens de l'amitié, il se met à l'écoute de leurs problèmes et leur vient en aide. Avec eux, Yakari apprend le respect, la tolérance, la justice et la solidarité. Il rencontrera aussi l'animal totem d'Arc-en-Ciel, Nanabozo, un lapin géant magicien qui les emmènera dans des aventures à bord de son canoë volant...