Trois ans après les aventures de Tai et ses amis, apparaît un nouvel ennemi, l’Empereur des Digimon, qui cherche à contrôler tous les Digimon. Ses pouvoirs empêchent Agumon et les autres Digimon d’évoluer, mais une nouvelle génération de héros vient leur prêter main forte. Seront-ils capable de sauver le digimonde de cette nouvelle menace ?