Une étrange silhouette noire débarque à Beika, ville connue pour son taux de criminalité élevé, avec pour mission d'assassiner un certain individu...
Eh oui, le coupable indispensable à chaque aventure de "Détective Conan" en est désormais le personnage principal : une âme pure vêtue d'une combinaison moulante qui n'est autre que l'Apprenti criminel.